Развитие и совершенствование духовной школы происходило с большими трудностями. Обретя в начале 1990-х годов внешнюю свободу, Церковь перешла в фазу быстрого роста. При этом качественный рост не поспевал за количественным. Это в особенности прослеживалось в сфере подготовки священнослужителей. Соборным разумом было положено начало процессу преобразований в духовных школах. Архиерейский Собор 1994 года поставил перед семинариями задачу давать высшее богословское образование, а перед академиями – стать научно-богословскими центрами. В связи с этим изменились сроки обучения в Духовных школах. В 2003 году состоялся первый выпуск пятилетних семинарий, а в 2006 году – преобразованных академий.
Наряду с развитием Духовных семинарий и академий – учебных заведений закрытого типа, нацеленных на подготовку кандидатов в священство, – за период, прошедший после Поместного Собора 1990 года, появились и активно развивались церковные высшие учебные заведения открытого типа, ориентированные преимущественно на подготовку мирян, – богословские институты и университеты. Получило значительное развитие также и светское православное теологическое образование. В результате многолетней кропотливой работы был достигнут определенный прогресс на пути к государственному признанию системы духовного образования Русской Православной Церкви.
Одной из форм просветительской работы стала организация церковно-общественных форумов, дающих возможность духовенству, церковному народу и представителям светского мира обсудить актуальные вопросы свидетельства и служения нашей Церкви. Следует упомянуть, в частности, Международные Рождественские образовательные чтения. В их рамках проходит более 100 конференций, семинаров и круглых столов, объединяющих около 7 тыс. участников, которые представляют не только педагогическое сообщество, но и практически все социальные группы, особенно интеллигенцию. Нельзя не отметить и возрастающей роли общецерковной выставки-форума «Православная Русь», проводимой как в Москве, так и во многих регионах. Сегодня выставка-форум, которую посещают десятки тысяч людей, стала местом, где практически любой человек может ознакомиться с жизнью Церкви, вступить в дискуссию по важным для нее вопросам, пообщаться с иерархами и известными священнослужителями.