В 1996 году была учреждена параллельная юрисдикция Константинопольского Патриархата в Эстонии. Православие в этой земле было насаждено русскими миссионерами и на протяжении всей истории являлось составной частью Русской Православной Церкви. С учреждением Московского Патриаршества оно находилось под канонической властью Патриархов Московских и всея России и всех северных стран (именно так, в соответствии с решением Константинопольского Собора 1593 года, именовались Предстоятели Русской Церкви вплоть до упразднения Патриаршества Петром I). Учреждение параллельной юрисдикции привело к расколу Православия в Эстонии, к временному прекращению канонического общения между Московским и Константинопольским Патриархатами и к нестроениям в области межправославных отношений, которые до сих пор в полной мере не урегулированы. Но несмотря на многие трудности, положение Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата также в целом удалось стабилизировать. Она сильна мудрой позицией своего руководства и верностью своих чад, которые убежденно желают оставаться в лоне Матери-Церкви. Переговоры с Константинопольским Патриархатом по этому вопросу будут продолжаться.
Со стороны отдельных иерархов Константинопольской Церкви также предпринимались шаги, которые воспринимались общественным мнением как оказание поддержки раскольническим группам на Украине, что входило в противоречие с официальной позицией Константинопольского Патриархата о признании Украинской Православной Церкви, возглавляемой Блаженнейшим митрополитом Владимиром, в качестве единственной канонической Церкви Украины.
Областью напряженных дискуссий с Константинопольским Патриархатом оставались и вопросы о понимании прав Поместных Церквей на осуществление попечения о своей пастве в так называемой церковной диаспоре.
Во всех подобных случаях действия Священноначалия Русской Православной Церкви направлялись к сохранению мира церковного, к терпеливому диалогу в духе христианской любви, к поддержанию братских отношений со всеми Поместными Православными Церквами. При этом, однако, наша Церковь никогда не поступалась основами канонического церковного строя и отстаивала нормы православной соборности, без соблюдения которых невозможно благостояние Святых Божиих Церквей и сохранение богоустановленного порядка в межцерковных взаимоотношениях.