8 июня 2006 года в результате удара американской авиации по убежищу «Аль-Каиды» Заркауи был убит. В октябре того же года руководящий орган джихадистов Совет шуры муджахидов объявил о создании Исламского государства Ирак. Решено было таким образом объединить «Аль-Каиду» с местными суннитскими группировками боевиков, придать «суннитскому сопротивлению» более иракский характер. Ведь одной из причин роста недовольства местных суннитов было именно то, что в «Аль-Каиде» воевали арабы из других стран, внедрявшие в Ираке свои бесчеловечные методы ведения борьбы. Число иностранных боевиков, которых «Аль-Каиде» удавалось ежемесячно посылать в Ирак, упало в 2007 году с 200 до 40. Если в 2007 году «Аль-Каида» осуществила около 300 акций, то в следующем полугодии – всего 28, за этот же период число жертв сократилось с 1500 до 125. В целом за два года число нападений на американцев сократилось в 7 раз>19.
Как писал Жан-Пьер Филью, «Аль-Каида в Ираке» «оказалась низведенной до роли машины, фабрикующей такфир, то есть подвергающей анафеме своих же единоверцев, которых обвиняют в отступничестве от веры, чтобы удобнее их ликвидировать»>20.
«Аль-Каида в Ираке» переиграла сама себя. Ее зверства, практиковавшиеся акции смертников, при которых гибла масса простых жителей, ее стремление насаждать самые бесчеловечные и мракобесные нормы шариата, наконец, ее попытки отобрать у шейхов суннитских племен выгодный канал контрабандной торговли – все это привело к тому, что значительная часть суннитских боевиков-иракцев повернулась против пришельцев. Союзники стали врагами, суннитские боевики вступили в альянс с американцами, рассудив, видимо, что «Америка – это плохо, но «Аль-Каида» – еще хуже. Были созданы «советы пробуждения», в которые вошли «сыны Ирака», суннитские боевики, переменившие фронт и выступившие против «Аль-Каиды». В октябре 2006 года в провинции Аль-Анбар было сформировано движение «Ас-Сахва» («Пробуждение»), вступившее в альянс со вчерашними врагами, американцами. В течение года Рамади и Фаллуджа, главные города провинции Аль-Анбар (которая занимает почти треть всей площади Ирака), были очищены от боевиков «Аль-Каиды».
Казалось, что с «Аль-Каидой в Ираке» покончено. Однако сирийская гражданская война дала этой группировке второе дыхание. Нынешний кризис начался, когда боевики ИГ (так стала называться организация, отбросив названия «Ирак» и «Левант»), вдоволь навоевавшись в Сирии как против режима Асада, так и против конкурентов из оппозиции, решили вернуться в Ирак, откуда они вышли тремя годами раньше. Лидер организации Абу Бакр аль-Багдади провозгласил создание Халифата, а себя объявил халифом Ибрагимом.