Гораздо важнее для бен Ладена была Саудовская Аравия; свержение «нечестивой монархии» стало его заветной целью, и он воспользовался вторжением США в Ирак в 2003 году, чтобы на волне антиамериканских настроений поднять в королевстве народное восстание. Еще накануне начала американской операции, 14 февраля, лидер «Аль-Каиды» выступил с обращением к исламскому миру, в котором обвинил династию Саудов в том, что она предала Османскую империю англичанам во время Первой мировой войны. Далее, он заклеймил Саудов за то, что они предали палестинское дело евреям и американцам. Наконец, бен Ладен призвал к свержению монархий в Саудовской Аравии, Кувейте, Бахрейне и Катаре, заявив, что все эти короли – предатели и квислинги.
Объявив войну Саудовской Аравии, бен Ладен создал и там ячейку «Аль-Каиды». Позднее, в 2009 году, объединившись с йеменской ячейкой, она получила название «Аль-Каида на Аравийском полуострове». Ее ядро составляли саудовцы-моджахеды, вернувшиеся из Афганистана, ветераны войны против советских войск. В декабре 2004 года при нападении на консульство США в Джидде были убиты 9 человек. Одна за другой начались атаки – то на помещение национальной гвардии в Эр-Рияде, то на полицейские участки, то на кварталы столицы, заселенные иностранцами. В мае 2004 года в Хобаре, на восточном побережье, были убиты 22 человека. В Эр-Рияде похищен и вскоре обезглавлен американец. Уже в следующем месяце саудовские спецслужбы нанесли ответный удар: в ходе успешной операции был убит лидер «Аль-Каиды на Аравийском полуострове» Мокрин. В декабре того же года при нападении на министерство внутренних дел и центр вербовки в полицию погибли 12 террористов, результаты атаки были ничтожными. Наконец, в апреле 2005 года саудовские спецслужбы разгромили главное гнездо джихадистов в Аль-Расе, причем 14 из них были уничтожены, включая нового лидера организации Сауда аль-Утайби. «Аль-Каида на Аравийском полуострове» оказалась обезглавлена.
К 2006 году контрнаступление саудовских властей против «Аль-Каиды» принесло крупные успехи: сорвано более 100 террористических актов, убиты или арестованы свыше 260 боевиков. Последняя крупная акция джихадистов – нападение на нефтеочистительный комплекс в Абкаике, на восточном побережье, закончилась полным провалом, все нападавшие были уничтожены. Саудовские власти организовали внушительную кампанию по их «перевоспитанию». По заявлению властей, успех был достигнут в 80 случаях из 100. Из 2 тысяч боевиков, захваченных в 2004–2007 годы, 700 человек отреклись от своих убеждений и были возвращены в свои семьи