Общепринятого представления о причинах эффекта Флинна нет. Некоторые теории, выдвинутые ведущими экспертами, представлены в работе Найссера (Neisser; 1998). Ряд специалистов, включая самого Флинна (Flynn; 1987), полагают, что никакого существенного увеличения того, что можно назвать «реальным интеллектом», не было и что увеличение обусловлено совершенствованием навыков работы с тестами. Другие, как то: Гринфилд (Greenfield; 1998), Макинтош (Mackintosh; 1998) и Вильямс (Williams; 1998), утверждают, что увеличение является действительным и обусловлено оно, вероятно, рядом факторов, таких как более стимулирующая познавательные способности окружающая среда, особенно телевидение, компьютерные игры, улучшение образования и повышение образованности родителей. Наличие эффекта Флинна в развитии младенцев, проявляющееся, например, в возрасте, в котором младенец в состоянии встать, делает сомнительным влияние перечисленных факторов. Вероятно, имел место подлинный рост интеллекта вследствие улучшения питания, приводящего к увеличению роста размера мозга и, вероятно, к ускорению неврологического развития мозга в течение двадцатого столетия (Lynn; 1990a, 1998b).