Исламская цивилизация так и не оправилась от этого удара. Реакцией многих мусульман на потрясения стал уход в себя: это было время вертящихся дервишей, мистиков, превративших ощущение изгнания и отчужденности во внутреннюю битву, способ избавиться от эгоистического эго ради того, чтобы раскрыть безграничное божественное начало. Пока одни смотрели внутрь, другие оглядывались назад. С утратой накопленных за столетия знаний, последовавшей за уничтожением бесчисленных библиотек, улемы (так собирательно называют мусульманских богословов) отошли на позиции консерватизма, искавшего стабильности в фундаментализме. Ранняя готовность ислама жить бок о бок с иудаизмом и христианством была окончательно отброшена, и теперь улемы учили, что всех чужеземцев следует держать под подозрением, и немусульманам воспретили посещать Мекку и Медину.
К середине XIII века силой боевых топоров, скимитаров и луков монголы построили крупнейшую лоскутную империю, какую только знал мир. Осажденные крестоносцы, цеплявшиеся за остатки своих былых государств, начали видеть во врагах своих врагов потенциальных союзников и десятилетиями питали надежды выковать опоясывающий мир монголо-христианский альянс против ислама. Монголы сами предложили совместно напасть на Египет, которым правила теперь военная каста мамлюков, династия солдат-рабов турецкого происхождения, изгнавшая потомков Саладина. Однако крестоносцы настаивали, чтобы монголы крестились, прежде чем христиане пойдут с ними на битву, и еще одна удачная возможность была утрачена из-за непримиримости Запада. В результате многие монголы обратились в ислам и восстановили разрушенные ими же города с еще большим размахом. Губители цивилизаций, монголы оказались на удивление способными управляющими, и на протяжении столетия Pax Mongolica, или «Монгольский мир», господствовал во всей Азии.
Со временем насытились и почили на лаврах сами монголы, и их империя пала жертвой внутренних усобиц. Когда она распалась на множество крупных и мелких владений (одно из них, государство Золотая орда, владело Русью до 1480 года), исламский мир постиг новый катаклизм. В середине XIV века в Азию пришла бубонная чума, завезенная стремительно передвигающимися монгольскими армиями и унесшая около трети населения. Цивилизация рухнула снова, и уже ослабленные династии утратили свою власть. «Они приближались к полному уничтожению и распаду, – сетовал мусульманский историк Ибн Хальдун, родившийся в семье беженцев из аль-Андалуса и потерявший родителей в результате эпидемии Черной смерти. – Города и строения приходили в запустения, дороги и веховые знаки были уничтожены, селения и усадьбы опустели, династии и племена ослабли. Весь обитаемый мир изменился»