В 1880-х годах была сильная холера на юге России и свирепствовала особенно в городе Новомосковске, Екатеринославской губернии. Население по телеграфу обратилось к отцу Иоанну с просьбой помолиться. Получен был ответ: «Молюсь за вас». И с того дня холера прекратилась.
Протоиерей Филипп Лузгин рассказывает: «Молитвенным предстательством отца Иоанна спасена была моя 9-летняя дочь от неминуемой смерти. Дочь заболела дифтеритом. Врач, после долгих усилий спасти ее от смерти, уходя откровенно сказал: «Вряд ли дочь ваша перенесет эту болезнь, будьте готовы ко всему». Я тогда жил в г. Лепеле. Потеряв надежду на врачебную помощь, я поспешил на почту и дал телеграмму отцу Иоанну Кронштадтскому, прося его молитв об исцелении болящей Пелагии. Когда утром пришел врач и осмотрел горло болящей, то с радостью сказал: «Дорогие батюшка и матушка, ваша дочь получила полное исцеление, но сознаюсь, что не через мою медицинскую помощь, а это она чудесно спасена от смерти. Скажите откровенно, что вы делали?» Я и сказал, что телеграммой просил молитвенной помощи отца Иоанна Кронштадтского. И врач сказал: «Да, он великий пред Богом угодник».
Но к святому Иоанну обращались не только с просьбами об исцелении, многие просили совета и молитвенной поддержки Кронштадтского пастыря, надеясь изменить свою жизнь к лучшему. Наделенный от Бога даром прозорливости, отец Иоанн не отказывал и в такой помощи.
В отсутствие отца Иоанна приехала в Дом Трудолюбия какая-то молодая женщина откуда-то издалека, из Сибири. Она страшно волновалась, ожидая его, и много плакала, боясь, что ей придется уехать, не повидавшись с ним. Тетка моя, видя ее страдания, пожалела ее и уговорила переждать еще денек. Она взяла ее в свою комнату ночевать, а на другой день как раз вернулся батюшка. Он имел усталый вид и как будто куда-то торопился. Тетушка в коротких словах стала изливать перед ним свои скорби, а та женщина ничего не говорила, стояла сзади и только плакала от возбуждения и счастья. Батюшка, стоя к ней вполоборота, сказал: «Вот что, выходи ты замуж за того, кто сейчас к тебе сватается. Он будет тебе добрым мужем и детям твоим хорошим отцом». Затем повернулся и вышел. Молодая женщина, пораженная словами батюшки, бросилась тетушке на шею, целовала ее и говорила: «Затем я и ехала из такой дали, боялась, ради детей, выходить за него замуж». Насколько отец Иоанн оказался прозорлив, он сразу ответил ей на незаданный вопрос! Осчастливленная женщина спокойно и радостно вернулась к себе домой.