Как известный проповедник отец Иоанн не стоял в стороне от церковно-общественных проблем. В чисто церковной сфере он нередко критиковал сложившийся порядок равнодушия к полноценной церковной жизни, когда к исповеди и причастию приступали не чаще одного раза в год. Отец Иоанн напротив, исходя из собственного опыта, проповедовал насущную необходимость постоянного покаяния и как можно более частого причащения. В то время его призывы причащаться во все посты и праздники шокировали привыкшее к устоявшейся традиции общество. Тем более допущение к Чаше Христовой собственных духовных чад по нескольку раз в месяц вообще выглядело как революция. Многие, видя в такой практике вредное новшество и чуть ли не сектантство, взывали к священноначалию, требуя ограничить отца Иоанна, его духовных чад и почитателей, следовавших его советам. Но в действительности отец Иоанн не стремился к подрыванию основ, он лишь призывал к исконной христианской практике полноценного участия верующих в литургической жизни Церкви. Поэтому несколько проверок, устроенных отцу Иоанну Митрополитом Санкт-Петербургским, доказали его полную невиновность. Тем более о правильности его пути свидетельствовали и многочисленные исцеления по его молитвам, которые сам он связывал именно с постоянным служением литургии.
В своих проповедях отец Иоанн касался не только литургической, но и нравственной жизни современного ему общества. В этом плане он нередко обличал пороки, свойственные как всем людям вообще, так и отдельным классам общества. Людей образованных и богатых он более всего обличал в праздности, роскоши, в пристрастии к суетным удовольствиям и в немилосердии к бедным, а простой народ – чаще всего в пьянстве и сквернословии. Нравственную сторону проповеди отца Иоанна и современники, и исследователи обычно сравнивали с проповедями святителя Иоанн Златоуста, творения которого были особенно любимы святым Иоанном.
Говоря о внецерковных аспектах общественной жизни, отец Иоанн сурово обличал нигилизм и всячески поддерживал все патриотические начинания. Надо заметить, что, в отличие от литургической и нравственной критики, именно эта проповедь вызывала наибольшее число нареканий и при жизни отца Иоанна, и по его кончине. Многие осуждали его за то, что, по их мнению, он вмешивался в проблемы, в которых ничего не понимал. Но отец Иоанн, как верный сын своего Отечества, не мог остаться в стороне от проблем, ведущих к разрушению России.