Не меньше чем от недоброжелателей отец Иоанн терпел от почитателей. Некоторые из них, заслужившие название «черных воронов», использовали его имя в своекорыстных целях. Среди этих почитателей выделялись псаломщики Дома Трудолюбия и иже с ними – они не только обирали самого отца Иоанна, но и собирали дань с паломников. Но отец Иоанн руководствовался тем, что: «Если Спаситель не гнал от Себя прелюбодеев и грешников и терпел возле Себя Иуду предателя, то мне ли, недостойному слуге Его, не следовать по пути Его! Я такой же грешный человек, как и вы все. Грешен и каюсь… Берегитесь гордыни!» Такие почитатели, прикрываясь именем Кронштадтского пастыря, вели образ жизни, далекий от праведности, позоря отца Иоанна в глазах общества и давая нигилистам повод глумиться над ним.
Еще один род горе-почитателей отца Иоанна – так называемые «иоанниты». Это движение начиналось вполне невинно – почитатели отца Иоанна собирались вместе, обсуждали, как им обустроить свою жизнь в духе наставлений отца Иоанна, молились. Постепенно в этом движении выделились лидеры, которые привнесли в него хлыстовский дух. Они начали почитать отца Иоанна как воплотившегося Христа. С развитием движения в нем появились «Богородица» и «Архангел Михаил» – Матрена Киселева и Михаил Петров.
Неоднократно отец Иоанн ездил в места компактного проживания иоаннитов, пытаясь увещевать их и склонить к покаянию – неоднократно они обещали ему отстать от своих заблуждений и вернуться в Православие. Но движение лишь прогрессировало. В конце концов, по настоянию отца Иоанна иоанниты были признаны сектантами и преданы анафеме.
Последние годы жизни отца Иоанна были и утешением, и испытанием. Он продолжал пользоваться почитанием большей части общества и был окружен заботой близких. К искушениям этих лет по-прежнему можно отнести движение иоаннитов и нападки нигилистов. Серьезным испытанием стал бунт в Кронштадте в 1905 г., на время выживший его из родного дома, когда отца Иоанна обвинили в том, что он своим авторитетом не остановил волнений.
К тому времени отец Иоанн уже заболел мучительной болезнью – воспалением мочевого пузыря. Несмотря на это, он не прекращал своей деятельности: служил, проповедовал, ездил по России. Постепенно силы его таяли, мучительные боли не давали ему покоя ни днем, ни ночью. Лишь во время служения литургии, по свидетельству самого отца Иоанна, он получал облегчение на несколько часов. Он воспринимал свою болезнь с благодарностью Богу, говоря: «Благодарю Господа моего за ниспосланные мне страдания для предочищения моей грешной души».