С первых дней работы на новой должности Фрунзе проявил себя не только прекрасным практиком, но и не менее прекрасным теоретиком. Фрунзе в то время сосредоточил усилия Реввоенсовета на военной реформе, предусматривавшей сокращение армии в условиях мирного времени. Комиссия во главе с Фрунзе решительно встала на путь создания небольшой кадровой армии, способной в случае войны в сжатые сроки отмобилизовать, поставить под ружье новые контингенты бойцов и командиров. По предложению Фрунзе вместо краткосрочной курсовой подготовки была создана система 3–4-годичных военных школ, военных академий. Созданная Фрунзе структура РККА просуществовала до 1939 года.
В те годы Фрунзе были написаны глубокие исследования по самым различным аспектам военного дела, воспитанию личного состава РККА, разработаны основополагающие документы тактики, оперативного искусства и стратегии ведения современных войн.
Михаил Васильевич страдал застарелой болезнью, «нажитой» в тюрьмах и ссылке, – язвой желудка. Неожиданно ему предложили делать операцию по удалению язвы. Фрунзе не хотел вмешательства хирурга в ход лечения болезни, ссылаясь на неиспользованные, по его мнению, возможности медикаментозного лечения.
За несколько дней до операции Михаил Васильевич сообщал жене: «…Я сейчас чувствую себя абсолютно здоровым и даже смешно не только идти, а и думать об операции». Вопреки мнению Фрунзе, консилиум врачей решил все-таки прибегнуть к операции. Не обошлось здесь и без решения Политбюро – на заседании Сталин и Ворошилов, «заботясь» о здоровье предреввоенсовета, настоятельно рекомендовали хирургическое вмешательство, словно они всю жизнь занимались врачеванием и имели медицинское образование. Подобное «поддавливание» не могло не сыграть решающего влияния на принятие решения последней инстанцией. Несколько позже стало известно, что перед операцией Фрунзе хирурга В. Розанова приглашал на беседу Сталин…
Один из личных друзей Фрунзе – И. Гамбург рассказал впоследствии о том, что незадолго до операции он зашел к нему повидаться. «Больной» был расстроен и сказал, что не хотел бы ложиться на операционный стол. Предчувствие какого-то неблагополучного исхода, чего-то непоправимого угнетало его. Я убеждал Михаила Васильевича отказаться от операции, но он отрицательно покачал головой: «Сталин настаивает на операции»…