Между тем в Тифлисе 12 августа 1909 года, немного не дожив до 60 лет, тихо скончался от цирроза печени отец Сталина Бесо Джугашвили. Его похоронили на общественный счет, никого из родственников на похоронах не было. Коба о смерти отца тогда так и не узнал. Лишь через 20 лет ему рассказал об этом сапожник Ягор Незадзе.
Уже в феврале 1910 года Сталин был намечен в центральное руководство РСДРП. Тогда было создано Русское бюро партии. Туда намечалось включить В.П. Ногина, И.Ф. Дубровинского, Р.В. Малиновского, Сталина и В.П. Милютина. Как вспоминал М.И. Фрумкин, «Сталин был нам обоим известен как один из лучших и более активных бакинских работников. В.П. Ногин (приехавший из-за границы. – Б. С.) поехал в Баку договариваться с ним». Однако между Кобой и другим руководителем Бакинского комитета Кузьмой возник конфликт, поскольку Коба неосновательно обвинил ряд соратников в провокации. Кузьма – секретарь Союза нефтепромышленных рабочих Сергей Дмитриевич Сильдяков, год спустя эмигрировал в США. Но тогда он грозил расколом бакинской организации и грозился присвоить 150 рублей, данных ему на устройство типографии. В условиях острого конфликта с включением Сталина в состав Русского бюро решили повременить. А тут вопрос отпал сам собой благодаря жандармам.
Взяли Джугашвили 23 марта 1910 года в Баку. Охранке надоело, что он постоянно уходит от наблюдения и водит за нос филеров. В докладе наверх об аресте Джугашвили бакинские жандармы сообщали, что следить за Молочным (такую кличку дали объекту для оперативных нужд) стало решительно невозможно, «так как все филеры стали ему известны и даже назначаемые вновь, приезжие из Тифлиса, немедленно проваливались… Молочный, успевая каждый раз обмануть наблюдение, указывал на него встречавшимся с ним товарищам, чем, конечно, уже явно вредил делу». Противники Кобы признавали, что он был искусный конспиратор и по части подпольной работы собаку съел. В скрытой от посторонних глаз организаторской работе была стихия Сталина, тогда как по части выступлений на рабочих митингах он не мог конкурировать не только с Жорданией, Чхеидзе и другими ораторами-меньшевиками, но и с многими соратниками-большевиками – Шаумяном, Спандаряном, Цхакая и др.
После ареста Джугашвили запираться не стал и сразу назвал свое подлинное имя и признался в побеге из вологодской ссылки. На допросе 26 марта он показал: «Принадлежащим себя к каким бы то ни было политическим партиям – не считаю. В Баку проживаю уже около 6 месяцев. Жил я здесь без прописки. Ночевал – где придется. Положение мое было довольно неустойчивое. Искал я себе какое-либо место, но нигде не находил… В Баку купил у одного неизвестного мне лица бессрочную паспортную книжку, выданную Управлением Бакинского полицмейстера на имя Захария Крикорова Меликянца, но по ней я не жил, ибо жил без прописки. Отобранное у меня при обыске письмо на русском языке адресовано Петровской, которое по просьбе одной женщины я еще не успел передать Петровской. Со Стефанией Леандровной Петровской я познакомился, находясь в ссылке в г. Сольвычегодске Вологодской губернии. Отобранный у меня по обыску печатный лист – копия «Комиссия промышленной гигиены при Обществе врачей г. Баку», получена мною от неизвестного мне лица в клубе под названием «Знание – сила» в Черном городе. Клочок бумаги – от бланка для сообщения бюджетных сведений при Комиссии промышленной гигиены при Обществе врачей г. Баку. В крепости в д. № 495 я не проживал и паспорт на имя Оганеса Вартанова Тотомянца никогда не имел. С Петровской я вообще никогда не жил и в сожительстве не состоял».