Т. Кампанелла в 1592 году вернулся в Рим. В это время он пишет много новых литературных трудов. Один из них – «Философские и медицинские исследования». В этой книге Томаззо вновь защищает Телезио. Следующая его работа – «Апология Телезио». Эту книгу Церковь воспринимает как вызов. В 1594 году Томмазо опять арестовывают. Во время обыска у него обнаружили запрещенную книгу о геомантии (предсказаниях по фигурам, начертанным на песке).
Друзья вновь пытаются освободить Томмазо, но планы их сорвались. В римской тюрьме его держали почти 2 года. Инквизиции не хватало доказательств для обвинения в явной ереси, но все-таки в декабре 1596 года Томмазо приговорили к отречению от Церкви.
Далее Томмазо отпустили на свободу, но запретили покидать Рим. Через 2 месяца Томмазо вновь арестовали. Через 10 месяцев Томмазо освободили с условием возвращения на родину. Его литературные труды оказались под запретом.
Кампанелла мечтал о превращении родной Калабрии в свободную республику. Он участвует в организации заговора и восстании народа. Среди повстанцев нашлись предатели, которые выдали организаторов восстания, в том числе Кампанеллу. Его снова арестовали и отправили в тюрьму. Томмазо увлекся поэзией и начал сочинять стихи, которые расходились по всей тюрьме. С подачи самого Кампанеллы, за ним закрепилась слава астролога, мага и великого предсказателя. Он занимался составлением гороскопов, давал советы по астрологии и медицине.
Здоровье заключенного Томмазо было значительно подорвано и он боялся, что не успеет написать новую книгу «Город Солнца». Однако ему удалось это сделать и именно эта книга сделала его имя бессмертным.
В 1603 году Кампанеллу приговорили к пожизненному заключению. Однако тайно он продолжал писать свои труды: «Астрономия», «Монархия Мессии», «Рассуждение о правах, которые имеет католический король на Новый свет», «Медицина», «Вопросы физики, морали и политики» и др.
Вскоре Кампанелла прославился по всей Европе. Иностранцы, находясь в Неаполе, с помощью подкупа добивались встречи с ним и слушали его лекции на философские и медицинские темы.
В тюрьме Кампанелла знакомится с работами Галилея, Коперника и встает на их защиту. Друзья помогают ему опубликовывать свои труды на свободе.
В 1626 году через 27 лет тюремного заключения, Томмазо оказался на свободе. Этому способствовала ссора папы Урбана VIII с испанским королем. Испанцы стали распространять слухи о существовании предсказаний астрологов о скорой кончине папы римского. Даже указывали определенную дату. Пользуясь этим, Томмазо распустил слухи о том, что он знает, как перехитрить судьбу папы. Когда Кампанеллу доставили к папе римскому, то он подтвердил нависшую над ним опасность. В итоге Урбан VIII освободил Кампанеллу и стал выполнять его указания для спасения своей жизни. Когда предсказания астрологов не оправдались, все убедились в силе и познаниях Кампанеллы. Это спасло его от смерти.