Убийствами кровавая трагедия не кончилась. 16 мая стрельцы вновь появились перед дворцом с требованием выдачи Ивана Нарышкина. Однако он на этот раз не был выдан. 17-го они пришли опять с тем же требованием, яростно крича, что не уйдут, пока им не выдадут изменника, и грозя боярам. Дворец оказался вновь в осаде. Царевна Софья обратилась к Наталье Кирилловне, требуя выдачи Ивана Нарышкина. «Брату твоему, – говорила она, – не отбыть от стрельцов; не погибать же нам всем из-за него». Запуганные бояре просили царицу о том же, видя в выдаче Ивана Кирилловича единственное средство погасить мятеж. Царица была вынуждена уступить и велела вывести брата из темного чулана, где он прятался за перинами и подушками. Его привели в церковь Спаса за Золотою решеткою, причастили, соборовали и затем выдали стрельцам. Стрельцы, завидя жертву, бросились на него, но не сразу убили, а потащили его сначала в застенок в Константиновской башне пытать, чтобы добиться у него признания в измене. Нарышкин мужественно выдержал пытку, не сказав ни слова, и все-таки был рассечен на части на Красной площади. В этот же день был варварски казнен, также после пыток, немец доктор Даниил фон Гаден, обвиняемый в отравлении царя Федора и, разумеется, ни в чем не повинный.
Озверевшая толпа наконец насытилась кровью. Но партия Нарышкиных казалась все еще недостаточно разгромленной. По наущению Милославских стрельцы продолжают появляться перед дворцом с требованиями, наносившими противникам новые удары. Убийства прекратились, начались ссылки и изгнания. 18 мая стрельцы подали челобитную на имя государя, чтобы указал постричь в монахи своего деда, отца царицы Натальи, – Кирилла Полуектовича. Спорить с стрельцами не приходилось; под формой челобитной они диктовали правительству свою волю, которая и была немедленно исполнена. Старик был пострижен и отправлен в Кириллов-Белозерский монастырь. 20 мая подана была другая такая же челобитная о ссылке всех остальных Нарышкиных. Партия Нарышкиных была таким образом уничтожена. Милославские могли торжествовать победу: они добились власти. Но этому фактическому переходу власти надо было придать законные формы. Это было сделано посредством тех же не допускающих отказа стрелецких челобитных. 23 мая войско заявило о своем желании, чтобы царствовали оба брата вместе. Боярская дума, обсудив это требование, решила созвать Земский собор, который опять был тотчас же созван в том же составе, в котором он собирался 27 апреля, и постановил царствовать обоим царям. 26 мая новое требование – царю Ивану Алексеевичу считаться первым царем. 29 мая стрельцы объявили свою волю боярам, чтобы правление государством по молодости обоих царей было вручено царевне Софье. Софья, наконец, достигла цели. Ее заветная мечта осуществилась. Власть, притом открыто и с соблюдением внешних юридических форм, переходила в ее руки.