После смерти царя бояре, страшась бедствий междуцарствия, решили присягнуть Ирине, тем самым они одновременно собирались и помешать вступлению на трон Бориса Годунова. По словам историков, «преданный Борису Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице. Обнародованный в церквах пространный текст присяги вызвал общее недоумение. Подданных заставили принести клятву на верность патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, правителю Борису и его детям. Под видом присяги церкви и царице правитель фактически потребовал присяги себе и своему наследнику (…) Испокон веку в православных церквах пели „многие лета царям и митрополитам“. Патриарх Иов не постеснялся нарушить традицию и ввел богослужение в честь вдовы Федора. Летописцы сочли такое новшество неслыханным. „Первое богомолие (было) за нее, государыню, – записал один из них, – а преж того ни за которых цариц и великих княгинь Бога не молили ни в охтеньях, ни в многолетье“. Иов старался утвердить взгляд на Ирину как на законную носительницу самодержавной власти. Но ревнители благочестия, и среди них дьяк Иван Тимофеев, заклеймили его старания как „бесстыдство“ и „нападение на святую церковь“».
Впрочем, самостоятельное правление царицы продлилось недолго. Уже через неделю после смерти мужа Ирина объявила о решении постричься. В день ее отречения в Кремле собралась толпа. Как стало известно позже из официальных источников, люди, преисполнившись верноподданническими чувствами, слезно просили царицу остаться на троне. Подобный настрой народа внушал беспокойство властям. Голландец Исаак Масса отмечал, что отречение Ирины носило вынужденный характер: «Простой народ, всегда в этой стране готовый к волнению, во множестве столпился около Кремля, шумел и вызывал царицу». «Дабы избежать великого несчастья и возмущения», Ирина вышла на крыльцо и объявила о намерении постричься. Австриец Михаил Шиль свидетельствует, что выступавший после сестры Борис в свою очередь заявил, что берет на себя управление государством, а князья и бояре будут ему помощниками.
На 9-й день после смерти Федора царица удалилась в Новодевичий монастырь и постриглась там, приняв имя инокини Александры. Таким образом она освободила брату дорогу к трону. «С погребения не ходя во свои царские хоромы, повеле себя <…> отвести простым обычаем в пречестный монастырь <…> еже зовется Новый девич монастырь», где ее постригли и нарекли «во иноцех имя ей Александра, и пребываша она в келий своей от пострижения до преставления своего, окроме церкви божий нигде не хождаше».