Генетики основываются на простейшем допущении, что отдельный ген может быть точнейшим образом интегрирован в генную структуру и займет четко определенное место, никоим образом не нарушая своим присутствием работу других генов. Хотя подобная концепция вполне логична, на деле далеко не всегда получается именно так. В течение первого десятилетия эпохи генной инженерии считалось, что подобная методика мало отличается от, казалось бы, безвредного скрещивания, и эксперименты о влиянии новых продуктов на людей и животных не проводились. В последующие годы органы контроля, в том числе отдел Управления по контролю за продуктами и лекарствами США, отвечающий за контроль качества продуктов питания, потребовали предварительного тестирования генетически модифицированных продуктов перед их поступлением на рынок. Критики генетической модификации провели ряд исследований, в ходе которых были обнаружены потенциальные проблемы, связанные с генетически модифицированными злаками. У подопытных животных, которых кормили соевыми бобами, устойчивыми к глифосату (этот сорт сои обязан своей популярностью тому, что он позволял фермерам свободно разбрызгивать гербициды, не нанося при этом вред самому растению), были обнаружены изменения в печени, поджелудочной железе, кишечнике и тканях яичек, если сравнивать их с животными, питавшимися обычной соей. Считается, что эти изменения были вызваны неожиданной перестройкой ДНК растения, из-за чего содержащийся в сое белок стал токсичным.
Только после этого идея о необходимости проведения испытаний генетически модифицированных растений на безопасность укоренилась в генной инженерии. Внимание широкой общественности к проблеме заставило представителей международного сельскохозяйственного сообщества разработать свод стандартов – выпущенный в 2003 году Кодекс алиментариус (лат. Codex Alimentarius – Пищевой кодекс), ставший результатом совместной работы Продовольственной и сельскохозяйственной Организации Объединенных Наций и Всемирной организации здравоохранения. Он помог определить, какие новые генетически модифицированные злаки должны быть в обязательном порядке подвержены испытаниям на безвредность, какие испытания должны быть проведены, какие характеристики должны быть измерены.
Однако до принятия этого кодекса фермеры и ученые-генетики в течение длительного времени проводили десятки тысяч экспериментов по скрещиванию. Непредсказуемые генетические изменения, которые, возможно, и приводят к приобретению некоторых желаемых характеристик, способны сопровождаться изменениями в структуре белков, неуловимыми для наших органов чувств. Ученые продолжают заниматься селекцией, создавая новые «синтетические» сорта пшеницы, и существует высокая вероятность случайного «включения» или «выключения» генов, не связанных с желаемым эффектом и приводящих к неконтролируемому появлению уникальных характеристик.