Впоследствии он подвергается преследованиям орденской инквизиции, которая дважды привлекает его к суду и сурово наказывает. В монастыре Бруно пишет первый труд – «Ноев ковчег», сатирическую поэму, в аллегориях разоблачающую многочисленные споры между разными теориями, догмами и верованиями внутри института церкви.
В период пребывания в монастыре, в 1571 году, он посещает Рим и папский двор, где перед его святейшеством римским папой Пием V излагает свое учение об искусстве памяти.
В 1575 году он получает ученую степень доктора теологии и защищает докторскую диссертацию, ссылаясь в многочисленных своих беседах и диспутах на многих философов древнего мира, вдохновляющих его мировоззрение и являющихся его предшественниками. Он упоминает жрецов Египта и Тота-Гермеса Трисмегиста, магов Халдеи и Ассирии, учения Зороастра, «гимнософистов» Индии, Орфея, Пифагора, Платона, Плотина, неоплатоников, кардинала Кузанского, Коперника, Парацельса и многих других.
1576 год: в Риме на него поступает серьезный донос, в котором его обвиняют в эклектизме и в еретических мыслях и высказываниях и настаивают на необходимости вмешательства инквизиции. Чтобы не попасть в ее когти и избежать тюрьмы, Джордано Бруно тайно покидает Рим. Окончательно оставив монастырь и духовный сан, он становится отступником, преследуемым всеми.
Дальнейшая его жизнь продолжается в вечных скитаниях по Европе. Его отважные учения, огненная, темпераментная натура непримиримого врага любой фальши, его прямые, яркие и острые высказывания, попадающие прямо в точку, врожденные честность, благородство и искренность, – все это приводит в бешенство представителей самых разнообразных официальных кругов, религиозных, научных и философских, навлекая на Джордано Бруно жгучую ненависть и преследование многих, даже тех, кто между собой проявлял вражду и нетерпимость.
На Джордано Бруно буквально охотились со всех сторон, поэтому он вынужден был покидать все города, в которых временно останавливался.
В своей жизни, сам того не желая, он воплощал образ настоящего Дон Кихота, одинокого странствующего рыцаря без страха и упрека, не имеющего ничего своего – ни дома, ни уголка, ни семьи, ни возлюбленной, но имеющего зато свои Идеи и очень много учеников и единомышленников по всей Европе, которых ему удалось вдохновить и зажечь.