Даосизм в дальнейшем разделился на два течения: школы Сунь Цзяня и Инь Вэня, с одной стороны и школа Чжуан Чжоу с другой.
В эпоху Шести династий Школа Небесных Наставников распространилась по всему Китаю, однако другие школы приобретали популярность, и влияние Небесных Наставников ослабевало. Школа была расколота, появились также Северные Небесные Наставники а потом и Южные Небесные Наставники. Параллельно набирали силу школы Шанцин (делающая упор на визуализациях и контактом с небожителями) и Линбао (обращающая внимание на медитации, испытавшая влияние буддизма).
Позднее, в танскую эпоху Школа Небесных Наставников была поссоздана как Школа Истинного Единого (Чжэнъи), получив особые императорские привилегии, в эпоху Сун школа Чжэнъи получила императорские привилегии и было признано её главенство над Шанцин и Линбао, а в 1304 году монгольские власти подтвердили статус школы, и заметно ослабевшие Шанцин и Линбао были поглощены и прекратили самостоятельное существование.
Ван Чунъян (XII век) и его ученики основали школу Цюаньчжэнь монастырского даосизма, которая получила распространение преимущественно на севере Китая. Таким образом в послемонгольскую эпоху даосизм стал представляться двумя основными школами – Школа Истинного Единого на юге и Цюаньчжэнь на севере.
Упадок даосизма в Цинскую эпоху
Известно, что император Канси (1654–1722) был скептически настроен ко всякого рода суевериям и мистическим практикам. Это неудивительно, ведь он был маньчжуром и относился с безразличием к китайской философии. Так, во время одного из путешествий по югу Китая некий местный житель преподнёс ему трактат о достижении бессмертия посредством алхимии. Канси в ответ приказал швырнуть ему книгу обратно. Даосы даже самого высокого ранга также не состояли у императора в фаворитах.
Даосизм в настоящее время
При Цинах даосы в очередной раз были обвинены китайскими ревнителями строгой классики в подрыве традиционных ценностей, результатом чего якобы и явилось завоевание страны «варварами». Эти ученые призывали отбросить даосизм и буддизм как окончательно скомпрометировавшие себя лжеучения и вернуться к собственным философским истокам, что в итоге выливается в литературно-общественное течение, получившее наименование хань сюэ, то есть «ханьская наука», под которой в данном случае подразумевалось классическое конфуцианство. Во время Тайпинского восстания (1850) даосские монастыри подвергаются разорению, которое вожди восставших объясняют необходимостью «борьбы с суевериями». Даосская литература изгоняется из библиотечных собраний с таким рвением, что к началу XX в. «Дао цзан» остается едва ли не в единственном экземпляре. Вплоть до Синьхайской революции (1911), да и позже ученые-традиционалисты не устают подвергать даосскую философию суровой критике как чрезмерно «созерцательную», парализующую волю к борьбе, подрывающую общественную нравственность и моральные устои государства. Эпохи терпимого и даже благожелательного отношения власти к даосскому умозрению сменялись периодами гонений вплоть до новейших времен. В 1960-е гг. практика преследования сторонников даосизма была возрождена деятелями «культурной революции». К концу 1970-х гг. эксцессы в отношении культурного наследия в основном прекратились, хотя относительная реабилитация даосизма и даосской философии (наряду с конфуцианством и буддизмом) началась только со времени официального провозглашения курса реформ (1978) Дэн Сяопина. На Тайване даосизм сохранил свое влияние и традиционные институты до наших дней. В КНР в настоящее время наиболее известным современным центром даосизма остается монастырь Байюньсы в Пекине. Философствование в даосском стиле в современном Китае продолжается, по традиции, преимущественно в эссеистической литературе и поэзии философского жанра.