Та откровенность, с которою он (митрополит Макарий. – Е. Б.) признает и высказывает эти недостатки и злоупотребления, и те ревность и решительность, с которыми он стремится к их искоренению, представляют нечто такое, что настоятельнейше могло бы быть рекомендовано всему последующему времени вплоть до нынешнего нашего. Если бы узаконенное Макарием в Стоглавом Соборе относительно церковного суда сохранилось после него, то его узаконения были бы величайшим благодеянием для низшего духовенства и вместе для мирян, насколько эти вторые подлежали церковному суду. А узаконенное им относительно надзора над низшим духовенством могло бы до некоторой степени служить примером и для нынешнего времени[23].
В целом, Стоглав больше ориентировался на церковную практику, чем на каноны[24]. Исследователи отмечают стремление Стоглава аргументировать положения не столько постановлениями Вселенских Соборов, сколько церковными памятниками местного происхождения. Целые разделы были заимствованы составителем из Сводной Кормчей.
Новаторским является включенный в Стоглав трактат о допустимости изменения канонов, приписанный Иосифу Волоцкому (гл. 79). Цель этого трактата – показать, что в канонах есть противоречия и что одни каноны заменялись другими по требованию времени. Трактат должен был также обосновать запрещение служить священникам-вдовцам.
В решениях Стоглава ясно видится цель отстоять церковный суд и церковное землевладение от посягательств верховной власти. Дальнейшее государственное развитие, однако, свидетельствует, что государство последовательно устанавливало свой собственный контроль над церковным богатством, ограничивая его рост путем запрета земельных вкладов в монастыри, а также изымая монастыри из-под власти епископов.
Судьба московских митрополитов оказалась в руках царей: Иван Грозный расправился с митрополитом Филиппом (хотя при этом и был устроен судебный процесс), без суда был смещен митрополит Дионисий. Иван Грозный расправлялся с епископами и лицами священнического сана без святительского суда.