После рукоположения о. Алексий был назначен настоятелем одноштатной церкви святителя Николая в Кленниках на улице Маросейке. В то время каждый храм имел свой приход, то есть приписанные к каждому из московских храмов ближайшие жилые дома, население которых составляло паству этого храма. Церковь святителя Николая в Кленниках была маленькой, и приход, числившийся за ней, был очень мал. Поскольку там же было несколько больших храмов.
За храмом во дворе находился маленький домик для причта. Сюда и перебрался о. Алексий с семьей. Дом был ветхим, полусгнившим; стоящие вплотную соседние двухэтажные дома затеняли окна. В дождливое время ручьи, сбегая вниз с Покровки и Маросейки, текли во двор храма и в подвал домика, в квартире всегда было сыро.
Став настоятелем, о. Алексий ввел в своем храме ежедневное богослужение, в то время как обычно в малых московских храмах оно совершалось лишь два-три раза в седмицу. Поначалу будничное богослужение, также как и в других московских храмах, совершалось только утром. Отец Алексий приходил в храм часам к пяти утра, сам и отпирал его. Благоговейно приложившись к чудотворной Феодоровской иконе Божией Матери и другим образам, о. Алексий, не дожидаясь никого из причта, готовил все необходимое для Евхаристии, совершал проскомидию. Когда же подходил установленный час, начинал утреню, за которой нередко сам читал и пел; далее следовала литургия.
В дальнейшем о. Алексий отделил утреню от литургии и стал служить ежедневно с вечера праздничную всенощную дневному святому. Как говорил об этом сам батюшка: «Мне хотелось дать Москве один храмик, где каждый верующий именинник при желании мог бы услышать в день своего Ангела величание своему святому». [1, с. 23]
Кроме того ежедневно о. Алексий служил панихиду, прочитывая все поданные поминания. Но даже несмотря на такое усердие о. Алексия, в храме долгое время было пусто. «Восемь лет служил я литургию каждый день при пустом храме, – рассказывал впоследствии батюшка. – Один протоиерей говорил мне: «Как ни пройду мимо твоего храма, все у тебя звонят. Заходил в церковь – пусто… Ничего у тебя не выйдет, понапрасну звонишь»». [1, с. 24] Но о. Алексий этим не смущался и продолжал служить. Он всецело предал себя воле Божией и твердо решил терпеливо трудиться на том месте, какое указал ему Промысел Божий. В основу своего дела он положил молитву и духовное бодрствование, возлагая успех всецело на благословение Божие.