Будущего равноапостольного просветителя Японии, архиепископа Николая, в миру звали Иваном Касаткиным. Он родился в деревне Береза Смоленской губернии (в настоящее время этот почти запустевший населенный пункт входит в состав Тверской области и, соответственно, Тверской епархии). Родители Ивана Касаткина – Дмитрий Иванович и Ксения Алексеевна – принадлежали к духовному сословию. Отец его служил в местной церкви дьяконом. В семье его был еще один сын.
О детстве будущего святого известно очень мало. Лишь то, что семья Касаткиных была очень бедной, и мальчик рано лишился матери – ему было тогда около четырех лет.
Несмотря на большую нужду, овдовевший отец заботился об образовании сыновей – достигнув положенного возраста, они были устроены в Бельское Духовное училище. По окончании училища, Иван, как один из лучших учеников, поступил в Смоленскую Духовную семинарию.
В семинарии Иван Касаткин также был одним из лучших учеников. В 1856 году, блестяще окончив курс, он был за казенный счет отправлен в Санкт-Петербургскую Духовную Академию.
Студента Касаткина отличали выдающиеся способности. Предполагалось, что окончив курс, он останется при Академии и займется преподавательской и научной деятельностью. Сам он тогда еще не строил далеко идущих планов и не задумывался ни о каком конкретном церковном служении.