Равноапостольный святитель Николай скончался 3 февраля 1912 года в 12 часов дня.
Похороны святого Николая стали своеобразным Торжеством Православия в Японии. Десятки тысяч японцев – христиан и язычников – провожали его, а перед гробом несли Смоленскую икону Божией Матери «Одигитрии», которую он благоговейно хранил всю жизнь. Венок на гроб святого прислал сам император Японии.
Преемник святителя – епископ Сергий (Тихомиров) – писал Святейшему Синоду: «Все, что есть в Японской Церкви доброго, до последнего христианина в храмах, до последнего кирпича в постройках, до последней буквы в переводах богослужебных книг, есть дело его христиански просвещенного ума, широкого сердца и твердой, как скала, воли, соделавших его избранным сосудом благодати Христовой». [34]
Почитание равноапостольного Николая (Касаткина) началось еще при его жизни. Как писал протоиерей Иоанн Восторгов, посетивший Японию: «Не было человека в Японии, после императора, который пользовался бы в стране такою известностью. В столице Японии не нужно было спрашивать, где русская православная миссия, довольно было сказать одно слово «Николай», и буквально каждый рикша сразу знал, куда нужно было доставить гостя миссии. И православный храм назывался «Николай» и место миссии также «Николай», даже само Православие называлось именем «Николай». Путешествуя по стране в одежде русского священника, мы всегда и всюду встречали ласковые взоры, и в словах привета и разговора по поводу нас мы улавливали слухом среди непонятных слов и выражений незнакомого языка одно знакомое и дорогое: «Николай». [1, с. 4]
После кончины святого 3 февраля 1912 года его тело было погребено с особой торжественностью. Согласно воспоминаниям владыки Сергия (Тихомирова), православные со всей Японии собрались на погребение святого Николая. На деньги, пожертвованные А. П. Синельниковой, был куплен небольшой участок земли на кладбище Янака.
22 февраля и было совершено погребение святого архиерея. С утра на четырех престолах были отслужены четыре литургии об упокоении души архиепископа Николая. В 11 часов в соборе Воскресения Христова началось отпевание, совершавшееся, главным образом, по-японски. Среди множества венков, присланных на погребение святителя, выделялся венок, присланный самим японским императором. Согласно японским традициям, иностранцы редко удостаивались подобной чести. После отпевания гроб был обнесен вокруг собора и установлен на колесницу. Похоронная процессия растянулась на десять километров.