Но несмотря на успешную деятельность и по благочинию, и в Сергиевой обители, архимандрит Игнатий продолжал усиленно проситься на покой и искать для себя место уединения. Для этого он в 1853 году побывал в Оптиной пустыни и просил у настоятеля и старцев разрешения поселиться у них в скиту, но получил отказ.
Вопреки его надеждам, его ждал не покой и уединение, а новое, более обширное поприще духовной деятельности. В 1856 году скончался митрополит Санкт-Петербургский Никанор. На кафедру Санкт-Петербургской митрополии был переведен митрополит Григорий (Постников), один из друзей и почитателей архимандрита Игнатия. Митрополит Григорий уже давно считал, что архимандрит Игнатий должен послужить Церкви в святительском чине. Поэтому, став епархиальным архиереем архимандрита Игнатия, он решил всячески этому способствовать. Одновременно наместник Кавказский Николай Николаевич Муравьев-Карский хлопотал о назначении на Ставропольскую кафедру достойного архиерея. Его выбор также пал на архимандрита Игнатия.
Узнав о желании Кавказского наместника, митрополит Григорий предложил в Синоде кандидатуру архимандрита Игнатия. Несмотря на некоторое противодействие, выраженное в замечании, что «архимандрит Игнатий не учился в Духовной академии», в целом кандидатура архимандрита Игнатия, как будущего епископа Кавказского и Черноморского, была одобрена Синодом. Также было получено Высочайшее соизволение от императора. Сам архимандрит Игнатий принял решение Святейшего Синода с монашеским послушанием, как выражение промыслительной воли Божией.
23 октября 1857 года в Святейшем Синоде, при значительном стечении народа, прошло наречение архимандрита Игнатия во епископа Кавказского и Черноморского. Епископская хиротония святителя Игнатия состоялась 27 октября в Казанском соборе. На другой день новопоставленный епископ совершил литургию в лаврской Крестовой церкви и затем три дня следующего месяца провел в Сергиевой пустыни. 3 ноября, в воскресный день, епископ Игнатий отслужил в пустыни Божественную литургию, участвовал на общей братской трапезе и, простившись со всеми, окончательно оставил Сергиеву пустынь. Он переехал в Александро-Невскую лавру.
25 ноября епископ Игнатий оставил Петербург и отправился в свою епархию. При этом следует заметить, что когда святитель Игнатий уезжал на Ставропольскую кафедру, то у него не оказалось собственных средств на дальнюю дорогу. Он вынужден был просить денег у одного из своих духовных чад.