Вместе с императрицей Троице-Сергиеву пустынь посещали и вельможи царского двора, устроившие в пустыни несколько храмов и благотворительных учреждений. Таким образом, к началу XIX столетия Троице-Сергиева пустынь внешне казалась довольно благоустроенной обителью.
С 1819 года при Петербургской митрополии был открыт викариат. Сергиева пустынь перешла в ведение викариев, епископов Ревельских, которые и управляли ею 15 лет – до 1834 года. За это время монастырские строения ветшали, а новые практически не возводились. В монастыре была очень малочисленная братия, оставленная без настоятельского присмотра. Нравственность братии стояла на низком уровне.
Современники говорили, что монастырь находился в запустении.
В конце концов, на плачевное состояние Троице-Сергиевой пустыни обратили внимание светские власти. В 1834 году император Николай I вызвал из Лопотова монастыря игумена Игнатия (Брянчанинова), которого знал по учебе в инженерном училище, и поручил ему сделать из Троице-Сергиевой пустыни образцовый монастырь.
1 января 1834 года в Казанском соборе игумен Игнатий был возведен в сан архимандрита, а 5 января он прибыл в свою обитель в сопровождении друга – рясофорного инока Михаила Чихачева и келейника Иоанна Малышева – впоследствии преемника святителя Игнатия (Брянчанинова) в управлении Сергиевой пустынью.
Как уже говорилось, Сергиева пустынь была в то время в самом расстроенном состоянии. Практически все постройки нуждались в ремонте. Даже храм преподобного Сергия, расширенный в 1821 году. Настоятельские кельи зимой были закрыты и не отапливались, что привело их к быстрому разрушению. Впоследствии архимандрит Игнатий (Малышев) писал: «Настоятельские кельи были необитаемы, так что предместнику моему, вновь назначенному настоятелю архимандриту Игнатию, на первое время отведены были в Инвалидном доме графов Зубовых две кельи… В такой тесноте прожили мы полтора года. Прочие здания были в крайнем упадке: главный собор стоял в воде, деревянный пол его лежал на балках и сваях, а под полом, на полтора аршина, стояла вода… О кельях говорить нечего. Их было 12, каждая в сажень квадрата с подопрелыми стенами… Воспоминаний много, но все они унылы». В жизни братии также было много недостатков. В то время братии в пустыни было всего 12 человек. Все они не отличались добродетельной жизнью и высокой нравственностью.