Несмотря на то, что большинство терапевтов – атеисты или агностики, духовные вопросы составляют важную часть психотерапии. По данным одного исследования, каждый шестой человек поднимает во время терапии религиозные и духовные вопросы, а 29 % психотерапевтов считают эти темы важными для излечения некоторых пациентов (Bergin, Jensen, 1990). Однако профессиональная подготовка терапевтов носит исключительно светский характер, поэтому они не чувствуют себя готовыми заниматься проблемами духовности. Тем не менее, сознательно или нет, каждый человек имеет некие метафизические допущения о сущности предельной реальности и существования (или отсутствия) духовного измерения. Подобные убеждения обычно остаются непроработанными, они являются результатом развития, детского религиозного воспитания и характерологических факторов. Все это неизбежно влияет на то, как терапевт будет справляться с серьезными экзистенциальными дилеммами.
Многие психотерапевты сами испытывают нечто вроде духовного голода, такого же, как и у тех, кто приходит к ним за помощью. Психотерапевты тоже нуждаются в чувстве цели, смысла и удовлетворения. Таким образом, у терапевтов существует интерес к духовным вопросам, хотя многие из них отрицательно относятся к традиционной религии (исключая, естественно, представителей пастырской психотерапии). Самые радикальные терапевты-атеисты считают религию пережитком магического мышления, суеверием и догматизмом, подходящим только для эмоционально незрелых людей. Такие терапевты считают всякие разговоры о Боге защитной реакцией, формой сопротивления, а иудео-христианские верования считают отражением естественных психологических потребностей. У некоторых терапевтов отрицательное отношение и даже ненависть к религиозному культу сохранились со времен их пребывания в приходской школе и полученного там негативного опыта. В детстве многие могли натерпеться от представителей духовенства или религиозных родителей, а некоторые, например, до сих пор сражаются с собственным амбивалентным отношением к религиозным родителям или слишком ранним обращением в веру. Если же психотерапевт отказался от принятой в детстве религиозной традиции, то его может мучить чувство вины. В таких случаях надо опасаться проецирования собственных сомнений на другого человека. Скептическое отношение к убеждениям другого обычно основывается на личном духовном конфликте. Эти факторы могут стать причиной контрпереноса и негативных реакций на духовные вопросы в целом, которые не были вовремя проработаны и отрефлексированы психотерапевтом.