Зона хвойных лесов характеризуется преобладанием ели Picea Schrenkiana, из лиственных пород есть тополь, осина, береза, рябина и другие. Среди перечисленных Семеновым кустарников (24) названо 7 видов Lonicera. Так же как и в культурной зоне, в зоне хвойных лесов – более 60 % европейских видов, в верхних частях зоны есть альпийские и полярные типы (указано 17); из прочих 40 % азиатских большая половина принадлежит к растениям сибирского севера, алтайско-саянским и частью полярным (указано 38); кроме того, кавказские (указано 10), гималайские (5) и местные тянь-шаньские (26). Экономическое значение этой зоны определяется ее лесами, дающими строевой материал и топливо. В некоторых местах зона приобретает субальпийский характер: леса заменяются субальпийскими лугами, перемежающимися со скалами. Эти луга важны для летних кочевок киргизов.
Альпийская зона разделяется на нижнеальпийскую, или зону альпийских кустарников, и верхнеальпийскую, или зону альпийских трав. Альпийские кустарники принадлежат к немногочисленным видам (перечислено 12). Замечательно отсутствие Rhododendrin, объясняемое сухостью климата. Европейских растений в этой зоне более 25 %, преимущественно альпийско-полярного типа (указано 23), немногие растения принадлежат к среднеевропейским (10), большая часть свойственна альпийской зоне, алтайско-саянской флоре и полярной Сибири (указано около 50), несколько гималайской (4); ряд растений принадлежит собственно тянь-шаньской флоре (30). Зона богата превосходными лугами и пастбищами и имеет большое экономическое значение для летних кочевок киргизов.
«Весьма большое, хотя только косвенное экономическое значение имеет и зона вечных снегов, так как только на тех подгорьях хребта, над которыми существует зона вечных снегов, культурная зона богата, орошена и вполне способна для ирригации, а следовательно, для хлебопашества, садоводства и колонизации». Так заканчивает Семенов характеристику последней из выделенных им зон Алатау.
Гораздо более краткой, благодаря меньшему количеству данных, является характеристика котловины озера Иссык-Куль. Прежде чем обратиться к семеновскому описанию котловины Иссык-Куля, укажем, что одним из главных результатов поездки Семенова на западную оконечность озера можно считать установление существующих соотношений между озером Иссык-Куль и рекой Чу.