Глубина в самом узком месте южного фарватера составила около 3,35 м, отсюда к южному берегу уходила длинная мель, делавшая эту часть залива совершенно непроходимой для неприятельских кораблей. Таким образом, само собой напрашивалось решение именно здесь строить форт. Идея создания на Котлине города и коммерческого порта появится у Петра позднее, когда он подробнее изучит сам остров. А пока следовало решить задачу защиты устья Невы.
Отдав распоряжения о заготовке бревен и камней для начальных работ, Петр 24 октября через Москву отправился в Воронеж. Именно в Воронеже он изготовил модель будущего форта, которую в новую столицу привез князь А.Д. Меньшиков. Предположительно, строительством непосредственно руководил Д.А. Трезини, приехавший из Москвы в Петербург в начале февраля 1704 г.
О том, какая крепость послужила прототипом первого кронштадтского форта, рассказано в книге князя А.Д. Кантемира, напечатанной в Германии в 1738 г. на немецком языке. На русском языке фрагмент из нее опубликован в наши дни в переводе Ю.Н. Беспятых: «К юго-западу напротив ингерманландского берега стоит значительная морская крепость Кроншлот – на песчаной отмели, для чего Петр Великий в 1705 г.[30] велел посреди зимы сделать из ящиков с камнями основание и затем поставить его в таком месте, чтобы эта крепость могла, наряду с укреплением в Кронштадте, по усмотрению открывать и запирать путь из Восточного моря в С.-Петербург и также служить как ключом Российского государства на восток, так и прикрытием российской торговли на Балтийском море. Кроме того, это как бы центр российских военно-морских сил, и крепость достаточно доказала свое значение во время нескольких неприятельских нападений.
Она устроена по образцу столь некогда превосходной морской крепости Wallfisch[31], стоявшей в гавани Висмара, и окружена очень толстой четырехугольной каменной стеной, фланкированной четырьмя бастионами и уставленной многочисленными пушками. Самый нижний их ряд расположен по кругу так, что они могут палить над самой водой и обстреливать утку, не говоря уже о шлюпке. Внутри стоит очень толстая каменная башня в три этажа. Эти этажи имеют вокруг множество бойниц и тоже снабжены достаточным числом пушек. Наверху развевается российский морской флаг. Сама же крепость постоянно обеспечена должным гарнизоном