Как уже упоминалось, строительством гавани вместо Крюйса с 1713 г. руководил капитан Э. Лейн. Англичанина Эдварда (Идверда) Лейна (Лайна) Петр I принял на русскую службу в 1702 г. Ему присвоили морское звание «поручик», что соответствовало тогда сухопутному званию «капитан». Петр поручил ему строительство гавани, так как учитывал глубокие познания Лейна в строительстве гидротехнических сооружений. И уже в следующем году первая гавань была в основном готова, и корабли Балтийского флота могли зимовать на Котлине, а не в Петербурге.
Но уже во время строительства первой гавани стало очевидно, что ее размеры недостаточны, так как флот стал постоянно получать новые корабли. Поэтому в 1713 г. начинается строительство комплекса новых крупных гаваней, вскоре получивших названия Военной, Лесной, Средней и Купеческой. Основная идея их расположения принадлежит Петру, но вполне можно считать ее соавтором капитана Э. Лейна. В процессе строительства он вносил существенные поправки и изменения в формы и размеры гаваней, которые в окончательном виде затем включили в генеральный план Котлина, утвержденный Петром I в 1721 г.
Первоначально с объемом работ справлялись гарнизонные полки, вольнонаемные рабочие, пленные шведы и каторжники, но вскоре стал ощущаться явный недостаток рабочих рук.
1 января 1715 г. «за особливую его службу у гаванского дела» Лейна произвели в капитаны 1-го ранга.
Перестройка гаваней по новому проекту началась в 1717 г. Периодически работам мешали шторма и наводнения. По данным С.П. Луппова, «за 22 года – с 1703 по 1725 г. – в Петербурге было 11 больших наводнений»[89]. Однако имеются данные и о наводнениях, случавшихся в допетровскую эпоху и существенно осложнявших жизнь прибрежных селений и Ниена. В весеннее половодье и в осенние шторма вода поднималась здесь на 2–2,5 м выше ординара. Шторма, наводнения и лед разрушали берега и укрепления Ниеншанца, все «крушилось, смывалось прочь под ударами волн, так как валы были сделаны из земли, смешанной с глиной и песком, и не могли противостоять водной стихии».