В 1852 году при обнаружении подземных палат в своем рапорте министру двора президент Московской дворцовой конторы сообщал следующее: «Кроме найденной трубы, соединяющей подвалы, в стенках сих подвалов открылись таковые же проходы или малые коридоры шириною до 1,5 аршина и вышиною до 2 аршин, которые прежде, вероятно, выходили в бывший около стены кремлевский ров, что ныне кремлевские сады, и служили, как должно полагать, средством для вылазок при бывших осадах Кремля; сделанные же неизвестно когда облицовки цоколей означенные трубы заложили».
Н. С. Щербатов отстаивал свою версию относительно того, что из нижней задней подземной палаты обязательно должен существовать проход внутрь кремлевской стены.
Достаточно много времени заняла расчистка палат от мусора и земли. Тогда же в одном из помещений были найдены человеческие останки со следами насильственной смерти, а также осколки изразцовой плитки и обломок меча.
Вот что писала газета «Московские ведомости» о находке, сделанной в передней нижней подземной палате: «Еще при первых осмотрах палаты, после открытия ее, исследователями было обращено внимание на имеющуюся небольшую брешь в стене, обращенной к Кремлю. С выемкой земли около стены размеры бреши продолжали увеличиваться, и в настоящее время оказывается, что она пробита внутрь не особенно глубоко, по стене же идет аршинов на 5 в ширину; что же касается протяжения ее вниз по стене, то это может выясниться только при окончательной очистке стены от земли до пола; теперь же протяжение бреши сверху вниз равняется приблизительно 2 аршинам. Зачем пробивалась брешь в стене – трудно сказать. А для разных предположений здесь открывается широкое поле. Может быть, в старину производились исследования кремлевских тайников, как это делается теперь».
К сожалению, Щербатову не удалось довести до конца свои изыскания. Раскопки были остановлены архитектором М. Н. Литвиновым, наблюдавшим за работами, который решил, что своды нижних палат слишком повреждены, а потому продолжать работы в подземелье опасно.
Интересно, что существует документ, согласно которому в 1918 году, после обстрела Кремля, архитектор Н. В. Марковников, обеспокоенный состоянием памятников старины, тайно пробрался в Кремль по проходу под Троицкими воротами. Скорее всего ученый воспользовался тоннелем, проложенным Н. С. Щербатовым в 1894 году, по которому он сначала прошел через подземные палаты под Троицкой башней, а затем попал во внутристенный проход кремлевской стены.