В 1940–1956 годах он работал в Литературном музее. В 1944-м защитил кандидатскую диссертацию «Проблемы урбанизма в русской художественной литературе (Опыт построения образа города – Петербурга Достоевского – на основе анализа литературных традиций)».
Его сын умер в блокадном Ленинграде. Только в 1948 году Николай Павлович узнал, что его дочь Татьяна, угнанная на работы в Германию, жива, находится в США и работает на радиостанции «Голос Америки».
В 1946 году была издана книга Анциферова «Пригороды Ленинграда: города Пушкин, Павловск и Петродворец». В 1950-м опубликованы его работы «Москва Пушкина», «Пушкин в Царском Селе», «Петербург Пушкина». При знакомстве с последней, включенной в настоящий сборник, нужно помнить, что это исследование писалось в пору вульгарно-социологического подхода к литературе и специально к 150-летнему юбилею поэта. И потому в «Петербурге Пушкина», при всех его достоинствах, уже нет той свободы творческой мысли, которая присуща «Душе Петербурга».
Только в 1992 году увидела свет книга воспоминаний Анциферова «Из дум о былом», охватывающих конец XIX-го – первую треть ХХ века.
Николай Павлович Анциферов скончался в Москве 2 сентября 1958 года.
В 1989 году в Ленинграде впервые состоялись Анциферовские чтения. После перерыва они были возрождены под эгидой Санкт-Петербургского союза краеведов в 2008 году. В 1995-м учреждена Анциферовская премия за лучшие современные работы по истории города.