В 1991 г. храм был передан Русской Православной Церкви, в нем начались реставрационные работы. Тогда же, на прихрамовой территории было открыто множество захоронений, принадлежащих двадцатым годам XX в.
В 1993 г. храм был передан Марфо-Мариинскому женскому монастырю, образованному несколькими годами ранее в с. Зимовенька, под Белгородом. Первая литургия была отслужена в 1994 г. в постройке на монастырском дворе. Затем в течении двух лет сестры собирались на молитву в Покровский храм только по воскресным и праздникам.
В 1999 г. в монастыре, на месте массовых расстрелов советского времени, была освящена часовня в честь царственных мучеников. При ней отведено специальное место для захоронений останков, которые периодически обнаруживались при строительстве. Богослужения в часовни совершаются только раз в году – 17 июля, в день св. царственных мучеников.
В настоящее время Покровский храм полностью восстановлен, в нем находятся иконы, написанные на Афоне, в Пантелеймоновом монастыре.
Успенско-Николаевский собор. Успенско-Николаевский собор – самый старый из сохранившихся храмов Белгородской области. Заложен на пожертвованные Петром I средства (сто рублей) 15 июля 1701 г., о чем до 1820-х гг. свидетельствовала надпись над западными воротами. Возводили храм солдаты белгородского гарнизона и городские жители. Освящен в 1703 г.
Успенско-Николаевский собор был вторым после Троицкого кафедрального собора кирпичным храмом в Белгороде.
Два храма Успения Божией Матери и свт. Николая объединены одной крышей – отсюда и название собора.
Интерьер храма украшали древнерусская роспись и деревянная резьба, богослужебные книги были подарены российскими императорами и членами царской семьи.
В 1930-е гг. Успенско-Николаевский собор был закрыт, здание переоборудовали под хлебозавод. В 1986 г. храм взят под охрану государства как памятник истории, культуры и архитектуры. В 1998 г. Возвращен в лоно Белгородской и Старооскольской епархии. В 1999 г. Успенско-Николаевский собор к празднику Пасхи был передан Марфо-Мариинскому женскому монастырю.
Часовня Корсунской иконы Божией Матери в Монастырском лесу.
Несколько столетий назад, в пяти-шести верстах от Белгорода, в местечке Лог (позднее оно называлось Монастырский лес), быт обретен чудотворный образ Богородицы. В конце XVII в. по благословению митрополита Илариона на этом месте была возведена часовня, а в начале XVIII в. святая икона с часовней были переданы в ведение Белгородского Рождество-Богородицкого монастыря.