Новой игуменией обители сестрами была избрана монахиня Анатолия (Еновская), происходившая из орловских дворян и состоявшая в обители на послушании ризничей. В сан игуменьи она была посвящена епископом Иннокентием 10 января 1832 г. Управляла обителью шестнадцать лет. При ней была достроена теплая Спасо-Преображенская церковь и освящена 4 ноября 1834 г. епископом Курским и Белгородским Илиодором. В 1846 г. почти вдвое распространена теплая Преображенская церковь. Игумения Анатолия испросила у графа Шереметева, в честь его новорожденного наследника Сергия, жалованье для пяти болящих монахинь. При ней было установлено чтение соборного акафиста Пресвятой Богородице по субботам, после ранней литургии.
5 июля 1847 г. игуменья Анатолия скончалась, после продолжительной болезни. На ее место архиепископ Курский и Белгородский Илиодор посвятил казначею Курского монастыря Арсению Белевцеву, дворянку. Она приехала в обитель 8 сентября того же года. В свое короткое пятилетнее управление обителью она устроила на свое иждивение в теплой церкви придел во имя Трех святителей и установила чтение Псалтири за упокой графов Шереметевых. По слабости здоровья игуменья Арсения оставила свою должность, и через месяц скончалась. Ее место заняла ближайшая помощница, казначея Макария Новосильцева, посвященная в сан игумении 3 февраля 1852 г.
При игумении Макарии Новосильцевой, в 1855 г. была выстроена новая гостиница и Сергиевская больница, средства для строительства которой выделил граф Дмитрий Николаевич. В больнице, усердием иумении Макарии, была устроена церковь во имя свт. Николая, освященная 5 августа 1856 г. архиепископом Илиодором. Иждивением графа Шереметева на монастырском дворе был устроен новый колодезь, наподобие часовни.
Решив перестроить теплую Преображенскую церковь, игумения отправилась зимой 1857 г. в Петербург, просить графа Шереметева о содействии. Весной 1859 г. ветхий храм Преображения был разобран до основания и 6 мая того же года, в среду Преполовения, был заложен новый храм с колокольней. К 1861 г. церковь, в русско-византийском стиле, вчерне была окончена и 21 сентября, в день Ангела храмоздателя графа Дмитрия Николаевича, 1862 г. освящена епископом Курским и Белгородским Сергием. Придел Трех святителей владыка освятил еще раньше, в ноябре 1861 г.