За убийство, даже на дуэли, полагалась смертная казнь. Узнав, в какую беду попал художник, его друзья и покровители помогли ему бежать из Рима. Главным организатором плана был Асдрубале Маттеи. Под покровом ночи он помог Караваджо выбраться из замка через подземный ход. В окрестностях Рима его ждала оседланная лошадь. Асдрубале посоветовал бежать в Неаполь, а оттуда перебраться в сильную, защищенную Мальту, крепость рыцарей.
Едва художник покинул границы Рима, спеша скрыться в ночной темноте, покровительство кардиналов и знатных особ закончилось для него навсегда. Он и сам чувствовал, что звезда его закатилась, и что судьба ведет его в самый мрачный период его жизни, который закончится смертью.
В Риме он был заочно приговорен к смертной казни. Но его друзья, в первую очередь маркиз Джустиниано и Асдрубале Маттеи, пытаясь его спасти, распустили слухи о том, что Караваджо умер. По одним слухам, его убили родственники убитого им человека, стремясь отомстить за смерть. По другим – он умер от болотной лихорадки. Его подобрали странствующие монахи в лесу в полумертвом состоянии и похоронили в одном из захолустных монастырей.
Оба эти слуха звучали так убедительно, что в них поверили все, даже власти. Именно этим объясняется тот факт, что не было попыток искать беглого художника в других городах. «Смерть» Караваджо являлась лучшим выходом для всех, и в первую очередь для властей. Ведь очень неприятно казнить такого знаменитого художника, каким был Караваджо.
В Неаполе художник получил много крупных заказов: слава его дошла и до этого города. А в подробности римского скандала местные власти предпочитали не вникать. Караваджо много работал, его искусство оказало значительное, решающее влияние на развитие неаполитанской школы живописи. С 1606 по 1608 год Караваджо работал в Неаполе, но он не чувствовал себя в безопасности. Он постоянно опасался ареста. Поэтому он решил последовать второму совету Асдрубале Маттеи, посчитав его самым лучшим выходом из всех.
В 1608 году Караваджо покинул Неаполь и перебрался на Мальту. У него при себе было рекомендательное письмо к Великому магистру мальтийского рыцарского ордена – ордена госпитальеров. Он поступил на работу в орден, написал портрет Великого магистра и даже сам вступил в орден. И вот тут заканчивается открытая, официальная часть биографии Караваджо, и начинается тайна. Мистическая загадка такой значительности, что покров тайны с нее не поднят и до сегодняшнего дня.