Местонахождение мастерской было идеальным. Монастырская библиотека содержала коллекцию из почти 5000 рукописей, очень интересовавших да Винчи. Неподалеку находился госпиталь Св. Марии, где он мог заниматься анатомированием трупов.
Как мы помним, в юношеские годы Леонардо, находясь в то время во Флоренции под покровительством семейства Медичи, трудился сначала подмастерьем у Андреа дель Верроккьо. Недалеко от мастерской Верроккьо находилась мастерская Антонио дель Поллайоло, который создал гравюру «Битва обнаженных». Поллайоло был одним из первых художников Возрождения, который занимался в анатомическом театре, изучая мышечную систему человека. Можно предполагать, что для молодого Леонардо полотна Поллайоло стали первыми уроками анатомии человека.
Художники Возрождения принимали анатомию человека как вспомогательное средство для правильного представления о теле. Именно поэтому они большое внимание придавали изучению мышечной системы, а не устройству его внутренних органов. Известно, что Поллайоло сам производил вскрытие трупов, однако его больше интересовала анатомия мышц, поэтому грудная клетка, брюшная полость и череп не вскрывались.
Первоначальный интерес Леонардо да Винчи был таким же, как и у Поллайоло. Однако в дальнейшем Леонардо рассматривал анатомию не только как приложение к живописи и скульптуре.
Занятия анатомией охватывают всю жизнь Леонардо да Винчи: первая рукопись относится к 1484 году, а последняя – к 1515-му. Вероятно, именно во Флоренции Леонардо впервые побывал в анатомическом театре. Свои анатомические вскрытия Леонардо да Винчи производил в госпитале Санта-Мария Нова, основанном в 1255 году. При госпиталях занимались анатомией и другие флорентийские художники. Например, Микеланджело работал при больнице Святого Духа.
Основным практическим руководством при анатомировании в Средние века являлся научный труд Мондино де Люччи (1275–1325) «Анатомия». Его метод вскрытия трупов использовали многие поколения врачей-анатомов и художников, а также и Леонардо да Винчи.
В жарком климате Италии вскрытие производили в течение нескольких дней. Считалось, что в первый день необходимо производить вскрытие живота, во второй – груди, в третий – сердца и в четвертый день – конечностей. Изучение головы начинали с рассечения скальпа, далее производили вскрытие черепа, исследовали мозг и затем обязательно – основание черепа.