Когда полгода спустя немцы заняли Смоленск и его окрестности, то в катынском лесу обнаружили свыше 4 тысяч трупов в форме польских военнослужащих. Разразился скандал. В том же году Сикорский и Андерс на встрече с советским руководством затронули вопрос о судьбе польских офицеров. Сталин ответил, что офицеры, возможно, сбежали в Маньчжурию… Представители Германии, а также польского Красного Креста в Женеве обратились в Международный Красный Крест с просьбой прислать в Катынь своих представителей. В ответ Советский Союз порвал отношения с эмигрантским правительством, а в конце 1943-го, когда Смоленск был освобожден, создал свою комиссию во главе с академиком Бурденко. Комиссия сделала официальное заявление, что Катынь – дело рук немцев. Эта ложь еще долго оставалась темным пятном в отношениях поляков и русских, пока не была сказана правда.
В июне 1942 г. фашисты приступили к ликвидации варшавского гетто, и за два с половиной месяца уничтожили свыше 300 тысяч жителей еврейского района Варшавы. В апреле 1943 г. в гетто вспыхнуло восстание. После десятидневных уличных боев сопротивление повстанцев было сломлено и началось планомерное уничтожение этого района. Через месяц все было кончено. Гитлеровцы убили 7 тысяч евреев, примерно столько же сгорело во время пожара, остальных вывезли в лагерь смерти в Треблинке.
Летом 1944 г. началось освобождение польской территории. Немедленно возник Польский комитет национального освобождения, у которого было полное взаимопонимание с Москвой. Эмигрантское правительство оказалось не у дел, однако попыталось взять инициативу в свои руки. Накануне вступления советских войск в Варшаву, когда на правом берегу Вислы уже появились танки, командующий Армией Крайовой генерал Бур-Коморовский отдал приказ о начале операции «Буря». На следующий день, 1 августа 1944 г., началось Варшавское восстание.
Восставшие планировали самостоятельно освободить столицу и взять власть, не дожидаясь, пока это сделают коммунисты. Но у плохо вооруженных варшавян не было шансов против регулярных войск, оставалось надеяться только на помощь с другого берега. Помощи не дождались. 16о августа Сталин сообщил Черчиллю: «Советское командование решило дистанцироваться от происходящего в Варшаве». Восставшие сумели продержаться 63 дня, заплатив за это жизнями двухсот тысяч варшавян. 17 января, когда пришли советские войска, город был разрушен почти полностью.