Большинство жителей ханства составили крымские татары. Это население не было однородной массой, его можно разделить на три большие группы: предгорных татар (татили татлар), южнобережных татар (ялыбойлю) и потомков ногаев (ногайлар). В них смешалась кровь множества народов: печенегов, половцев и татаро-монголов, тавров, скифов и сарматов. Крымские татары были мусульманами-суннитами и отличались веротерпимостью, но турецкие власти определенно взяли курс на исламизацию крымского населения. На южном побережье Крыма обитала многонациональная общность: потомки тавров и греков, византийцы, генуэзцы, готы, аланы, славяне, армяне и караимы…
Караимская община держалась особняком, ее члены исповедовали иудаизм, поэтому довольно часто исследователи ошибочно считают их наследниками Хазарского каганата. Караимское движение зародилось в Багдаде приблизительно в середине VIII века. Его основателем считается Анан бен Давид, которого можно смело назвать «диссидентом от иудаизма»: он подвергал сомнению авторитет Талмуда и его толкователей. Его последователи сформировали движение «ананитов». Собственно караимы появились в IX веке, так называли все секты, оспаривавшие традиционное толкование Талмуда. Само слово «караим» – множественная форма от древнееврейского «карай», что означает «чтецы», так как последователи этих движений, в том числе и ананиты, не признавали устного предания. Бухарские караимы переселились в Крым сплоченной общностью с согласия местной татарской администрации. После разрушения генуэзской торговли татары нуждались в людях, которые будут представлять их интересы. Самая старая караимская община проживала в городе Солхате (современный Старый Крым), после изгнания генуэзцев много караимов осело в Кефе и занялось торговлей. На Феодоро-Мангупе караимская община появляется только во второй половине XV века, по-видимому, сразу после 1453 года. И наконец, мощная община образовалась в городе Гезлев (Евпатория) в конце XVII века. И что любопытно, близкое сосуществование с татарами, несомненно, повлияло на быт и культуру караимов, но не привело к ассимиляции последних. Караимы не вступали в смешанные браки вплоть до установления в Крыму советской власти.

Баязид II принимает Менгли-Герея в шахском шатре во время кампании против Молдавии в 1484 г.