Между тем строительство Адмиралтейства, ранее предусматриваемое Петром I как судостроительная верфь с сараями, амбарами и жилыми помещениями на левом берегу реки Невы, подходило к завершению. Построенное государственными работниками или подрядом, сооружение не только соответствовало требованиям к предприятию по строительству российского военно-морского флота, но одновременно являлось мощным форпостом обороны Северной столицы и всего левого берега Невы против противника, пытающегося прорваться к Петербургу и развить наступление на столичный город.
Мощное артиллерийское вооружение укрепленных фортов Адмиралтейской верфи – крепости в любое время могло нанести сокрушительный удар по шведскому флоту в случае прорыва неприятельской морской армадой крепости Кроншлота и вторжения в устье Невы.
Окруженное с трех сторон укреплениями, Адмиралтейство еще до завершения его строительства приступило к сооружению первых российских военных кораблей, спускаемых на воду через открытое к Неве пространство. Строительством Адмиралтейства и первенцев российского военного флота по указу Петра I ведали светлейший князь А. Д. Меншиков и два его помощника – обер-комендант Северной столицы Р. В. Брюс и олонецкий комендант Савва Яковлев.
Строительство Адмиралтейства, верфи и крепости успешно завершили осенью 1705 года. Первый военный гарнизон Адмиралтейства состоял из экипажей военных судов, приведенных в конце осени из Кроншлота в Санкт-Петербург на зимнюю стоянку. Офицеров и матросов разместили в домах, построенных на правом берегу реки Мьи, неподалеку от жилых зданий, построенных для мастеров и «государственных работников» судостроительной Адмиралтейской верфи.
Значение Адмиралтейства как верфи (после очередных побед в боях со шведами) неуклонно возрастало. В 1706 году с ее стапелей торжественно спустили на воду двух российских первенцев – 18-пушечный военный корабль «Прам» и яхту «Надежда». Особый подъем на верфи Адмиралтейства отмечался после блистательной победы русских войск над шведами в Полтавском сражении. В честь этого великого подвига на стапелях Адмиралтейского двора заложили лидер военно-морских сил Российской империи – 54-пушечный линейный флагманский корабль «Полтава». Строителем первого русского линкора стал корабельный мастер Главного Санкт-Петербургского Адмиралтейства Петр Михайлов, или, иначе, император Петр Великий, при непосредственном участии самородка русского судостроения корабельного мастера Ф. М. Скляева.