В деле хранится справка, составляемая обычно в консистории после поступления прошений о ремонте и содержащая предысторию храма: «По клировой ведомости о церкви Святителя и Чудотворца Николая, что на Котлах, Московского уезда за 1909 год значится: построен в 1646 году деревянный храм во имя Зосима и Савватия окольничим Афанасием Осиповичем Прончищевым. В 1677 году сыном его Иваном Прончищевым на место деревянного храма построен каменный во имя Святителя и Чудотворца Николая и Знамения Пресвятой Богородицы (взято из патриарших книг Казенного приказа 88 л. 277). Оба престола за одним иконостасом и холодные. В 1875 году частию на церковную сумму, частию на приношение доброхотных дателей устроен теплый придел во имя Св. Пророка Илии. Зданием каменная с таковою же колокольнею. Утварью достаточна». Императорская Археологическая комиссия ремонт разрешила при условии сохранения: «1) существующих признаков бывших в древности пристроек с юга и с севера и звонницы на южной стене с лестницею к ней, проходящею в толще сей стены, а также 2) могущего обнаружиться существования древней стенописи».
В январе 1911 г. был утвержден список работ, затем и выполненных, по ремонту древней церкви: «В алтарях сделать деревянные золоченые одежды для 2-х престолов с живописными иконами под стеклом и с мраморными верхними досками, переделать колоды, сделать двойные рамы, заменить во всем храме полы деревянные метлахскими плитками, возобновить иконостас, не изменяя формы и вида, подштукатурить внутри стены, окрасить их масляной краской, расписать их орнаментом и священными картинами, соединить теплый храм с холодным пробивкою арки в стене, надстроить колокольню на один ярус и покрасить крышу новым железом и, согласно утвержденному проекту, устроить в холодном храме духовое отопление…»>74
При церкви, бывшей приходской не один век, имелось кладбище (600 кв. саж. – 2722,5 кв. м), где хоронили жителей, входивших в приход деревень (Шаболовка, Изютина, Верхние Котлы) вплоть до 1930-х гг., когда церковь снесли. Тогда она стояла уже у края высокого обрывистого берега, постоянно размываемого рекой. В 1978 г. на месте разрушенной церкви еще был свободен большой газон перед трехэтажным зданием Московского приборостроительного техникума, а при обвалах кромки оврага вскрывались захоронения бывшего погоста. К 1990 г. рядом появилась станция метро «Нагорная», а здание техникума вместе с участком церкви заняла автобаза № 29 производственного объединения «Мосовощтранс»