Прижимистое купечество раскачивалось долго, но деваться было некуда: пришлось приступать к строительству нового Гостиного двора, по соседству со старым, и эти два слова – «новый» и «старый» – с тех пор прочно прилепились к их названиям.
Новый Гостиный двор вырос на площадке между старым двором и Таможенным сквером в первых годах XIX века. Автор, Джакомо Кваренги, спроектировал замкнутое по периметру участка здание в два этажа, разбитое на изолированные отсеки, с галереями в первом этаже снаружи и по обоим этажам во дворе. Предназначено же оно было не для продажи товаров, а лишь для их «складки». Но и Старый Гостиный не был забыт: в 1820-х годах его перестроили, а в 1873-76 годах несколько амбаров в верхней галерее, со стороны нового двора, переделали в «роскошные залы» для Таможенного музея: «с целью доставления таможенным чиновникам возможности ознакомиться близко с привозными в Россию и отпускными за границу товарами».
Однако с годами старый двор стал терять свое «гостиное» значение. Таможенное ведомство, последний его хозяин, стало постепенно раздавать его строения и участки. К 1912 году один из четырех его углов застроило Главное управление неокладных сборов, другой приобрело Министерство торговли и промышленности.
А возникшие планы снести строения на третьем, юго-западном участке, ради возведения там Библиотеки Академии наук, предвестили конец Старому Гостиному двору как таковому.
Художественная общественность столицы поднимала громкий голос в его защиту, но потерпела поражение.
Библиотечное здание встало там в начале 1910-х годов. Старый Гостиный двор остался лишь на старых картах Петербурга…
А здание Нового Гостиного двора уцелело. Уже в советское время его помещения долго использовались по прежнему назначению – как склады. Пока не возникла идея приспособить строение для Ломоносовского института Академии наук. В 1932 году архитекторами Я.Я. Кетчером и К.И. Кашиным был составлен проект. И даже к работам успели приступить. Но Академия переехала в Москву.
Постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 16 мая 1934 года о восстановлении в ЛГУ имени А.С. Бубнова исторического образования оказалось очень кстати: здание Нового Гостиного двора было передано Университету под исторический факультет.
Строительные работы возобновились, естественно, с некоторою переделкою проекта. Они продолжались, по мере освобождения складских помещений, еще и в 1941 году. Хотя уже 1 сентября 1934 года 150 первокурсников нового факультета заняли здесь аудитории.