Уже через год после призыва Маринеско стал командиром штурманского сектора средней подводной лодки, хотя выпускники единственного в то время Военно-морского училища имени Фрунзе по окончании 4-летнего срока обучения, как правило, назначались на нижестоящую ступень – командирами групп. Объяснялось это жестоким кадровым голодом, который испытывал подводный флот РККФ с началом массового вступления в строй серийных субмарин советской постройки. Первый период службы на военном флоте – трехлетнее пребывание штурманом подлодки Щ-306 – раскрывается в выявленных документах довольно слабо. А ведь этот период очень важен для формирования любого офицера. Первый командир, под началом которого служил Маринеско, Н. С. Подгородецкий, отмечал недостаточную дисциплинированность своего подчиненного (док. № 1.7), но второй, А. А. Косенко, составил вполне ординарную характеристику (док. № 1.8). Стал ли Маринеско иначе относиться к службе, или все дело в том, что Косенко исполнял обязанности спустя рукава и у него самого были проблемы с дисциплиной и алкоголем, из-за чего в разгар войны он попал в штрафное подразделение?
В конце 1937 г. Маринеско был направлен на годичное обучение в Учебный отряд подводного плавания. Отряд готовил на должность помощника командира подлодки, но успешно справлявшиеся с должностями старпомов, как правило, через год или даже более становились командирами без какого-либо дополнительного обучения. Александр Иванович был назначен помощником командира на Л-1 в ноябре 38-го, а уже в мае 39-го стал командиром М-96. Причиной столь скорого выдвижения послужили не какие-то особые успехи в боевой подготовке (практически вся служба на Л-1 совпала с периодом зимнего ледостава, когда подлодки в море не выходили), а все тот же кадровый голод. Достаточно отметить такой факт: летом того же 1939 г. командирами «малюток» 3-й бригады ПЛ КБФ были назначены сразу пять лейтенантов училищного выпуска 1937 г.! По сравнению с ними Маринеско выглядел явным переростком. Несомненно, что помимо развертывания массового строительства новых кораблей причиной «голода» являлись и репрессии 1937–1938 гг. Жертвой «перегибов на местах» чуть было не стал сам Александр Иванович, но его вынужденное расставание с флотом длилось всего 19 дней и вряд ли могло всерьез отразиться на характере и привычках. По крайней мере, в последующих событиях он явно не производил впечатления робкого и подавленного офицера.