Одновременно с конвоированием судов развернулись большие работы по обезвреживанию донных мин. Госкомитет обороны постановил значительно увеличить число тральщиков, за счет переоборудования малоценных речных судов, в основном рыболовных. В связи с минной угрозой в середине мая в Сталинград прибыли нарком Военно-морского флота Н.Г. Кузнецов и нарком речного флота З.А. Шашков. На совещании, которое проходило в кают-компании бронекатера, присутствовали начальник Волжского бассейнового управления пути В.П. Цыбин и новый командующий Волжской военной флотилией контр-адмирал Ю.А. Пантелеев. Были разработаны дополнительные меры по усилению наблюдения за сбрасыванием мин, на наиболее сложных участках установлены посты наблюдения из числа военных моряков, улучшились организация ограждения и информация о состоянии плеса. Флотилию подкрепили техническими средствами траления. Судовой ход обозначался створами повышенной чувствительности, ночное освещение было замаскировано.
Однако наладить всю эту работу оказалось не так-то просто, особенно в условиях сильного весеннего паводка. Глубины увеличились местами до 25–30 метров, а удержать на такой глубине и при сильном течении довольно громоздкое минное ограждение было непросто. Частые его срывы создавали большие трудности, но бакенщики строго следили за плесом, и, несмотря на штормовую погоду и ночную темноту, выезжали на лодках и восстанавливали ограждения. Вскоре вся Волга на протяжении от Камышина до Черного Яра была «украшена» самыми невероятными ограждениями, часть из которых была изготовлена из ресурсов разрушенного Сталинграда: старых электропроводов, проволоки, всего, что можно было использовать в качестве учалочных средств.
В мае – июне для переоборудования под тральщики и тралбаржи были отобраны 165 самоходных и несамоходных транспортных судов. Им предстояла огромная работа. Всего в течение мая, по данным службы наблюдения, германские бомбардировщики сбросили в Волгу 354 донные мины. При этом часть из них была оснащена многоимпульсными взрывателями. Чтобы взорвать такую «адскую машину», тральщику требовалось пройти над ней 15–16 раз и более. Еще страшнее были мины с акустическими взрывателями, принцип их действия был до сих пор плохо изучен, а эффективные средства борьбы практически отсутствовали.