Искусство ниндзюцу является неотъемлемой частью комплекса военных знаний бугэй-дзюхаппан. В этот комплекс входили 18 воинских искусств, отобранных военным теоретиком Хирояма Гёдзо в XVIII в., в качестве обязательных для изучения каждым самураем. Бугэй-дзюхаппан включает в себя такие дисциплины как: кю-дзюцу (стрельба из лука), кэн-дзюцу (фехтование мечом), иай-дзюццу (искусство мгновенного обнажения меча), со-дзюцу (владение копьём), нагината-дзюцу (владение нагината), бо-дзюцу (владение шестом и посохом), кусаригама-дзюцу (владение кусаригама – серпом на длинной цепи), танто-дзюцу (ножевой бой), дзюттэ-дзюцу (владение дубинкой-дзюттэ), дзю-дзюцу (борьба без оружия), сюрикэн-дзюцу (метание лезвий), ба-дзюцу (верховая езда), суйэй-дзюцу (плавание в доспехах), тикудзё-дзюцу (строительство укреплений и фортификационных сооружений), ходзё-дзюцу (искусство связывания), гунряку хэйхо (военная стратегия и тактика), тэппо-дзюцу (применение огнестрельного оружия), ниндзюцу (искусство невидимости). Присутствие ниндзюцу в этом списке, говорит о важности этой дисциплины для средневековых воинов. Этот момент, кстати, ломает устоявшийся стереотип о том, что самураи брезговали военными хитростями и для решения деликатных военных и политических задач нанимали на стороне ниндзя, которые якобы находились вне общества, и были чуть ли, не кастой отверженных. На самом деле ниндзя происходили из всех слоев общества, и среди них было немало самураев. Это были низкоранговые самураи, это были дзи-дзамураи, это были даже асигару – вчерашние крестьяне, мобилизованные даймё на военную службу, но в основном это были люди из военного сословия, либо из той его прослойки, которая соприкасалась, с одной стороны, с миром крестьян, и с другой стороны, с миром воинов.
Слово «ниндзя» появилось лишь в период Тайсё (1912—1926 гг.). В старину эти иероглифы читались как «синоби-но моно», что означает «скрывающийся человек» или «человек, делающий что-либо скрытно, тайком». Слово «синоби» было отнюдь не единственным обозначением для лазутчика. Не менее популярными были китайские названия «кантё» и «кандзя» – японское чтение китайских иероглифов «цзянь цзэ» и «цзянь чжэнь», обозначающие человека, проникающего в щель (имеется ввиду брешь в обороне противника), и японские названия: «куса» («трава»), «суппа» («проникающие волны»), «раппа» («мятежные волны»), «дакко» («похитители слов»), «мицумоно» («тройные люди»), «кагэ-но моно» («человек-тень») и проч. Иероглиф «нин/синоби» состоит из меньших иероглифов «яйба» («лезвие меча») и «кокоро» («сердце») В самом известным из трактатов ниндзя «Бансэнсюкай» («Десять тысяч рек, впадающих в море», 1676 г.), это сочетание иероглифов трактуется так:
