Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3‑го ранга Павел Тихонович Куприн;
Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал‑майор Виктор Михайлович Бочков;
Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3‑го ранга Лаврентий Фомич Цанава;
Юго-Западного фронта – бывший начальник 3‑го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3‑го ранга Анатолий Николаевич Михеев;
Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3‑го ранга Николай Степанович Сазыкин;
Резервного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3‑го ранга Александр Михайлович Белянов.
В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при Особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны с укомплектованием этих частей из войск НКВД[10].
Утвержденная 15 августа 1941 года структура центрального аппарата Управления Особых отделов НКВД СССР выглядела так:
Начальник и три заместителя;
Секретариат;
Оперативное отделение (гласный состав);
1‑й отдел – центральные органы Красной Армии (Генштаб, военная прокуратура, разведупр);
2‑й отдел – ВВС;
3‑й отдел – бронетанковые войска, артиллерия;
4‑й отдел – основные рода войск;
5‑й отдел – интендантская и санитарная служба;
6‑й отдел – войска НКВД;
7‑й отдел – оперативный розыск, учеты, мобработа;
8‑й отдел – шифровальная служба[11].
В августе – декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления Особых отделов появились еще два заместителя – дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.
Всего в августе 1941 года по штатам Управления Особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек[12].
После передачи в январе 1942 года 3‑го управления НКВМФ в состав УОО был организован 9‑й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид.