Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Соломон Рафаилович Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).
Секретариат (Яков Михайлович Броверман).
Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).
Следственная часть (Борис Семенович Павловский):
1‑е отделение (по шпионажу);
2‑е отделение (антисоветские формирования);
3‑е отделение (по руководству следственной работой на периферии).
1‑й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):
1‑е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);
2‑е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);
3‑е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).
2‑й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):
1‑е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);
2‑е отделение (вооружение и тыл ВВС);
3‑е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);
4‑е отделение (ПВО);
5‑е отделение (воздушно-десантные войска).
3‑й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):
1‑е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);
2‑е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);
3‑е отделение (ГАУ Красной Армии).
4‑й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):
1‑е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7‑ю отдельную армию и резервную армию);
2‑е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);
3‑е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);