Но развал армии, экономики, финансов оказывались еще не самыми опасными явлениями. К концу XVII в. Россию охватил духовный разброд. Борьба с расколом не утихала. Наоборот, при Софье она активизировалась. После того, как Хованский попытался раздуть «старообрядческую революцию», царевна оценила раскол как реальную угрозу для государства. Развернулись целенаправленные меры его по искоренению. Воеводам было велено по заявкам епископов выделять войска для поиска и разорения скитов. Местные власти должны были строго следить за посещаемостью церкви. Тех, кто пропускает богослужения, требовалось задерживать для допросов. По подозрению в расколе – применять пытки. Для расколоучителей предусматривалась смертная казнь. Для рядовых раскольников – кнут, ссылки. И даже за их укрывательство полагалась ссылка с конфискацией имущества.
Но ничего не помогало! Старообрядцев вылавливали, во множестве ссылали в Сибирь, на Урал, в глухие районы Севера и Поволжья. Другие раскольники разбегались от арестов. Однако тем самым плодились и размножались новые секты. На Дону и на Тамбовщине возникли крупные центры, принимавшие всех недовольных – беглых, бродяг, дезертиров. Рассылались призывы «замутить» страну, для этого предводители раскольников вели переговоры с ногайцами, татарами, калмыками. Против них пришлось вести настоящую войну. Организовывались специальные походы, скиты осаждали, брали жестокими штурмами. В обстановке общего духовного раздрая расплодились всевозможные кликуши, «пророкови», лжеюродивые – они бродили по селам и городам, проповедовали вообще не пойми что.
Русское духовенство оказалось не готово противодействовать этим бурям. Большинство рядовых священников не имело никакого специального образования. Обычно бывало так, что отец-священник сам готовил сына, его везли в епархию для рукоположения. Там его должны были экзаменовать, готов ли он? Но ведь в епархиях служили такие же священники, частенько некомпетентные. В конце концов, вопрос о поставлении можно было решить за мзду. А на повседневную деятельность духовенства накладывалась еще одна особенность – в России было принято, что священника избирал и содержал приход. Если не нравится, могли выгнать. Поэтому священнослужители старались не портить отношений с паствой. Не быть слишком строгими и придирчивыми. Даже если кто-то не ходит в храм, а кто-то склоняется к ереси, стоит ли поднимать шум и создавать себе лишние проблемы?