Но прибытие англиканского епископа навело на мысль послать на место русскую духовную особу с несколькими монахами для удовлетворения духовных потребностей русских поклонников и отчасти для ближайшего ознакомления с иерусалимскими делами; дипломатические донесения очевидно перестали давать полное удовлетворение. Выбор пал на архимандрита Порфирия (Успенского).
Ученый архимандрит был поставлен в самое фальшивое положение. Он был отправлен в Иерусалим совершенно неофициально, в качестве паломника. Средства Миссии были нищенские. Непосредственных сношений со Святейшим Синодом он не имел, а если и обращался к нему, то годы проходили прежде чем он получал ответ. Осужденный на безвластие, бесправие и бездействие архимандрит Порфирий занялся научными работами, первыми серьезными трудами по изучению дневнехристианского Востока на русском языке. Но, тем не менее, он зорко приглядывался к церковным делам, хотя и не сообщал о них официальными бумагами. Не изданный доселе рукописный дневник его, хранящийся в Академии наук, составляет превосходную картину тогдашних дел, заносившуюся на страницы дневника день за днем, высокопоучительную и теперь, сорок лет спустя. Если б архимандрит Порфирий не был связан по рукам и ногам, если бы мы шли так же открыто и смело, как англичане и латиняне, не стесняясь дипломатическим малодушием, католическая и протестантская пропаганда, отторгнувшая тысячи туземных христиан от православной церкви, начиная с 1848 года, имея против себя такую силу как архимандрит Порфирий, теперь не имели бы права хвалиться своими успехами. Но архимандрит Порфирий был тем камнем, которым пренебрегли зиждущие. Никакого влияния он не мог иметь уже и потому, что в Иерусалиме без денег оно немыслимо, а содержание Миссии было нищенское, в то время как сотни тысяч шли из России непосредственно в бесконтрольное распоряжение Патриарха и Святогробской братии. Миссия стояла в подчинении Патриарху. В Иерусалиме не было даже русского консула: ближайшим дипломатическим представителем России, советы которого были обязательны для начальника Миссии, был генеральный консул в Бейруте, в двухнедельном расстоянии от Иерусалима. Патриарх же сносился через своего константинопольского уполномоченного прямо с российским императорским послом.