Сейчас А. Ю. Пиджаков является членом Российской Академии юридических наук, членом Ассоциации юристов России, членом Российской ассоциации международного права, членом Российской криминологической Ассоциации. Его биографические данные включены в справочники: «Видные ученые-юристы России (вторая половина XX века)», «Российская ассоциация международного права. 1957–2007. Биографический словарь».
С 1999 г. А. Ю. Пиджаков заинтересовался актуальной проблемой международного права – борьбой с международным терроризмом. Глубже познать данную проблему ему помогли профессора Б. А. Смыслов, Ю. С. Ромашев и мн. др. На сегодняшний день по данной теме им опубликовано более ста научных статей и 10 монографий. Он является основателем нового научного направления – исследования международно-правового регулирования сотрудничества государств в борьбе с политическим экстремизмом и терроризмом. По данной проблеме им в 2005 г. (вновь в Северо-Западной Академии государственной службы при Президенте РФ) была успешно защищена докторская диссертация «Международное сотрудничество государств в борьбе с политическим терроризмом и экстремизмом в новых геополитических условиях» по специальности 23.00.04 – Политические проблемы международных отношений и глобального развития. Монографии А. Ю. Пиджакова «Международно-правовое регулирование борьбы с современным терроризмом» (СПб., 2001) и «Борьба с политическим терроризмом и экстремизмом» (СПб., 2003) находятся в библиотеке Президента Российской Федерации. Он был избран действительным членом (академиком) Академии проблем безопасности, обороны и правопорядка. В 2006 г. ему присуждена ученая степень доктора юридических наук.
В декабре 2007 г. случилось несчастье – около своего дома А. Ю. Пиджаков был сбит машиной, получил серьезные травмы. По призыву души и сердца десятки студентов вузов, где преподавал и преподает А. Ю. Пиджаков, сдали так необходимую для 3 серьезных операций кровь. Полгода он был прикован к постели, прошел курс реабилитации и сейчас снова в строю. Это чудо смогло свершиться благодаря самоотверженности его жены, доцента Университета гражданской авиации, Марины Васильевны Авдеевой и ее дочери, выпускницы юридического факультета, Анны Яковлевой, любви и заботе близких и друзей Александра Юрьевича. А. Ю. Пиджаков и во время болезни продолжал писать статьи, опубликовал 3 монографии, занимался с аспирантами и дипломниками.