Вместе с тем в науке неоднозначно решается и вопрос о том, к какой отрасли процессуального права следует относить институт подведомственности. Является ли данный институт комплексным межотраслевым институтом процессуального права, или же существует несколько институтов подведомственности, соответствующих каждой отрасли процессуального права.
В теории государства и права под правовым институтом подразумевается обособленная устойчивая группа юридических норм, регулирующих общественные отношения конкретного вида.[67] В то же время существует мнение, что правовой институт – это совокупность правовых норм, образующая обособленную часть отрасли права,[68] либо что это – группа юридических норм, регулирующих в пределах отрасли права отдельный подвид общественных отношений.[69] В первом случае возможно выделение отраслевых и межотраслевых (комплексных) правовых институтов. Во втором случае, поскольку институт права представляет собой обособленную часть какой-то одной отрасли права, следовательно, и не допускается существование межотраслевых институтов.
Впервые о том, что институт подведомственности носит межотраслевой характер, заявил П. С. Дружков.[70] При этом под межотраслевым (комплексным) правовым институтом понимается такой, который объединяет в себе относящиеся к нескольким различным отраслям права нормы, регулирующие общественные отношения, обладающие некоторыми общими признаками.[71] Однако выделение подобных институтов было поддержано не всеми юристами.
По мнению П. Ф. Елисейкина, существование межотраслевых институтов права нарушало бы общепринятое построение системы права, поскольку система права – это явление объективное, не зависящее от воли законодателя. В то время как то, что называют межотраслевыми институтами права, напротив, строится на основе критерия, субъективно избранного законодателем ради достижения той или иной цели. Далее П. Ф. Елисейкин отмечал, что понятие института права имеет в своей основе предметное единство и единый метод регулирования, признание же существования межотраслевых институтов разрушало бы это предметное единство.[72]
Таким образом, П. Ф. Елисейкин пришел к выводу, что не может быть межотраслевых институтов (в частности, не является таковым институт подведомственности), а есть только институты данной отрасли права: уголовного, гражданского и т. д.