В ходе судебного производства судебно-медицинская экспертиза в подавляющем большинстве случаев назначается и производится при рассмотрении уголовных дел в судах первой инстанции. Вместе с тем при рассмотрении уголовного дела в апелляционном или кассационном порядке суд также вправе по ходатайству сторон непосредственно исследовать доказательства в соответствии с требованиями гл. 37 УПК, включая и требования о вызове эксперта на допрос, о назначении экспертизы или производстве других процессуальных действий с участием эксперта или специалиста (ст. 365, 377 УПК). Назначение и производство судебной экспертизы при рассмотрении уголовного дела в надзорном порядке УПК не предусмотрено.
В соответствии со ст. 18 УПК судопроизводство ведется на русском языке, а также на государственных языках республик, входящих в Российскую Федерацию. В военных судах производство по уголовным делам ведется на русском языке. Эксперту или специалисту, не владеющему или недостаточно владеющему языком, на котором ведется судопроизводство, должно быть разъяснено и обеспечено право давать заключение, показания, заявлять ходатайства, приносить жалобы, выступать в суде на родном языке или другом языке, которым он владеет, а также бесплатно пользоваться помощью переводчика. Документы, необходимые эксперту для дачи заключения или показаний, должны быть переведены на язык, которым он владеет.
Сроки производства судебной экспертизы законом не установлены. Они зависят от вида экспертизы, количества объектов исследования, сложного экспертного задания и обычно регулируются подзаконными нормативными правовыми актами федеральных органов исполнительной власти, в ведении которых находится деятельность соответствующего судебно-экспертного учреждения. Применительно к судебно-медицинской деятельности – это нормативные акты Министерства здравоохранения РФ. Если экспертиза проводится вне экспертного учреждения, срок выполнения исследований согласовывается с лицом, назначившим экспертизу. Вместе с тем, учитывая важность эффективного взаимодействия судебно-медицинской службы с правоохранительными органами, судебно-медицинскому эксперту необходимо знать предусмотренные законом сроки расследования уголовных дел. Так, согласно ст. 223 УПК, дознание производится в течение 15 суток со дня возбуждения уголовного дела, причем этот срок может быть продлен прокурором, но не более чем на 10 суток. Предварительное следствие по уголовному делу должно быть закончено в срок, не превышающий 2 месяцев со дня возбуждения уголовного дела. Срок предварительного следствия может быть продлен до 6 месяцев прокурором района, города и приравненным к нему военным прокурором и их заместителями. По уголовному делу, расследование которого представляет особую сложность, срок предварительного следствия может быть продлен прокурором субъекта Российской Федерации и приравненным к нему военным прокурором до 12 месяцев. Дальнейшее продление срока предварительного следствия может быть произведено только в исключительных случаях Генеральным прокурором Российской Федерации или его заместителями (ст. 162 УПК).