Кодекс разделен на 5 частей, включающих 55 глав, которые содержат 473 статьи. В качестве приложений к Кодексу даны формы процессуальных документов и порядок их изготовления[28].
Структура Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации сформирована следующим образом.
Часть первая содержит общие положения, разделена на 5 разделов и состоит из 18 глав.
Раздел 1 включает основные положения, которые регламентируют: уголовно-процессуальное законодательство (гл. 1, ст. 1–5), в том числе основные понятия, используемые в кодексе; законы, определяющие порядок уголовного судопроизводства; действия закона во времени и пространстве, в отношении лиц без гражданства и иностранных граждан. В этом разделе также рассматриваются принципы уголовного судопроизводства (гл. 2, ст. 6-18), понятие уголовного преследования (гл. 3, ст. 20–23), основания отказа в возбуждении уголовного дела, прекращения уголовного дела и уголовного преследования (гл. 4, ст. 24–28).
Раздел 2 рассматривает права, обязанности, полномочия участников уголовного судопроизводства: суда (гл. 5, ст. 29–36), в том числе вопросы подсудности; участников уголовного судопроизводства со стороны обвинения: прокурора, следователя, начальника следственного отдела, органа дознания, дознавателя, потерпевшего, частного обвинителя, гражданского истца, представителей потерпевшего (гл. 6, ст. 37–45); участников процесса со стороны защиты (гл. 7, ст. 46–55); иных участников уголовного судопроизводства: свидетеля, эксперта, специалиста, переводчика, понятого (гл. 8, ст. 56–60). В этом разделе рассматриваются также обстоятельства, исключающие участие в уголовном судопроизводстве, порядок отвода участников уголовного судопроизводства: судьи, прокурора, следователя и дознавателя, секретаря судебного заседания, переводчика, эксперта, специалиста (гл. 9, ст. 61–72).
Раздел 3 рассматривает вопросы доказательства и доказывания: понятие доказательства в уголовном судопроизводстве, в том числе содержание обстоятельств, подлежащих доказыванию; доказательства и их виды (гл. 10, ст. 73–85); понятие и содержание процесса доказывания: доказывание, собирание, проверка, оценка доказательств, понятие преюдиции (гл. 11, ст. 86–90).
Раздел 4 рассматривает меры процессуального принуждения. Три главы раздела (гл. 12–14, ст. 91-118) содержат вопросы задержания подозреваемого, порядок задержания и содержания под стражей, виды мер пресечения и порядок их использования, изменения и отмены, иные меры процессуального принуждения.