В 1962 году Ч. познакомился с В. Б. Шкловским и, сразу же возбудив его интерес (прежде всего – как знаток Опояза) и несомненную симпатию, все последующие годы, до последних дней жизни Шкловского, встречался с ним; не боясь преувеличений, можно утверждать, что мемуары Ч. «Спрашиваю Шкловского» (Литературное обозрение, 1990, № 6) – едва ли не лучший очерк личности Шкловского. Впоследствии в его же предисловии к сборнику Шкловского «Гамбургский счет: статьи – воспоминания – эссе» (М., 1990) под названием «Два первых десятилетия» дан очерк самого плодотворного периода научного творчества Шкловского.
Серьезным шагом в изучении «формальной школы» стала работа (совместно с Е. А. Тоддесом и М. О. Чудаковой) над обширнейшим комментарием к сборнику статей Тынянова – и изнурительная четырехлетняя борьба за его издание (Ю. Н. Тынянов. Поэтика. История литературы. Кино. М., 1977); ему предшествовало издание сборника статей Тынянова «Пушкин и его современники» (М., 1968; комментарии Ч. и А. Л. Гришунина). Работа над историей отечественной филологической науки продолжалась все последующие годы; впоследствии, в 1976–2003, со статьями и комментариями Ч. вышли 4 тома «Избранных работ» В. В. Виноградова.
Ч. занимался и критикой современного литературного процесса; первая большая работа о современной литературе – «Искусство целого: Заметки о современном рассказе» (Новый мир, 1963, № 2; в соавторстве с М. О. Чудаковой, с 1957 г. – его женой).
В 1964 году, приглашенный к участию в начинавшемся академическом издании Чехова, Ч. оставил очную аспирантуру и стал сотрудником ИМЛИ, где проработал до конца дней. Одновременно читал лекции в МГУ, в Педагогическом институте им. Ленина, в Литературном институте, в последние годы – в Школе-студии МХАТ.
Первая книга А. П. Чудакова «Поэтика Чехова» вышла в свет в ноябре 1971 года; в ней, помимо новой концепции чеховского повествования – места в нем точки зрения автора и героя, было развернуто представление о принципиальной неотобранности и неиерархичности деталей у Чехова и введено в научный оборот понятие случайностности – в противовес многолетней уверенности исследователей, что всякое ружье у Чехова стреляет. В статье видного партийного чиновника (по совместительству чеховеда) Г. Бердникова «О поэтике Чехова и принципах ее исследования» (Вопросы литературы, 1972, № 5, с. 124–141) книга была подвергнута идеологическому разносу (в том же году ее высоко оценил М. М. Бахтин, назвав в беседе с автором «лучшей книгой о Чехове и вообще одной из лучших книг по филологии в последнее время»; книга получила признание мирового чеховедения, в 1983 году была переведена на английский язык). За этим последовал негласный запрет (действовавший в течение десятилетия) на печатание любой строки автора о Чехове в двух главных советских литературоведческих журналах. Условием защиты докторской диссертации в ИМЛИ был отказ автора от своей концепции. Так и не отказавшись, а, напротив, развив ее, Ч. защитил в 1982 году на филологическом факультете МГУ диссертацию «Художественная система Чехова: генетический и психологический аспекты» (один из оппонентов, М. Л. Семанова, рассказала собравшимся после защиты на кафедре русской литературы филфака, как в 1978 году редакция журнала «Русская литература» предложила ей написать обзор чеховианы за последние восемь лет, поставив одно условие – не упоминать книгу Чудакова. «– Как же я могу ее не упоминать, если это самое яркое явление чеховианы за эти годы?» – возразила М. Л. Ей подтвердили условие. Она отказалась писать обзор)